Певзнер, Павел Аркадьевич

Отец Певзнера работал инженером-электриком, мать — учительницей^[2].

Высшее образование получил в Московском институте инженеров железнодорожного транспорта в 1979 году^[3].

Диссертацию кандидата физико-математических наук Павел Аркадьевич защитил в 1988 году в Московском физико-техническом институте^[3].

В 1985—1990 годах работал в Государственном научно-исследовательском институте генетики и селекции промышленных микроорганизмов^[4].

В 1990 году эмигрировал в США^[4].

С 1990 года в течение двух лет проходил постдокторантуру в лаборатории Майкла Ватермана (Michael Waterman) Университета Южной Калифорнии. В 1992 году занял должность доцента Университета штата Пенсильвания и работал там до 1995 года^[4].

В 1995 году вернулся в Университет Южной Калифорнии в качестве профессора Математики, Информатики и Молекулярной биологии.

С 2000 года является профессором Калифорнийского университета в Сан-Диего. Возглавляет Центр компьютерной спектрометрии Национальных институтов здравоохранения США^[5].

С 2006 года Певзнер руководит Центром алгоритмической и системной биологии Калифорнийского университета в Сан-Диего^[1].

Являясь одним из ведущих мировых учёных, Павел Певзнер сотрудничает с российской наукой. Совместно с Санкт-Петербургским академическим университетом в 2010 году он получил мегагрант для решения важнейших алгоритмических и вычислительных задач современной биомедицины^[6].

С 2010 года Певзнер руководил лабораторией вычислительной микробиологии Санкт-Петербургского академического университета^[1].

В декабре 2012 года эта работа была продлена ещё на два года^[7]. В 2011 году участвовал во встрече Президента РФ с учёными — получателями специальных грантов Правительства Российской Федерации для государственной поддержки научных исследований.

С 2014 года Певзнер руководит Центром алгоритмической биотехнологии Санкт-Петербургского государственного университета^[8].

По состоянию на 2026 год он продолжает работать в департаменте компьютерных наук и инженерии этого университета в должности выдающегося профессора и занимает именную кафедру Рональда Тейлора^[9].

Одно из основных направлений работ Певзнера — алгоритмы сборки геномов на основе графов де Брёйна^[10]. В 2012 году он стал одним из авторов ассемблера SPAdes, разработанного для сборки геномов по данным секвенирования отдельных клеток и использующего мультиразмерные графы де Брёйна^[11].

Другой разработанный его командой ассемблер, metaFlye, предназначен для сборки метагеномов по длинным чтениям PacBio и Oxford Nanopore. Он использует графы повторов и алгоритмы, учитывающие неравномерную представленность организмов в метагеномных данных^[12].

В области вычислительной протеомики Певзнер участвовал в разработке MS-GF+ — инструмента поиска по базам данных, рассчитывающего статистическую значимость соответствий пептидов и масс-спектров^[13].

К этому направлению относится также MS-Align+ — алгоритм идентификации белков по масс-спектрам, позволяющий выявлять неожиданные посттрансляционные модификации^[14].

Павел Певзнер является автором значительного количества работ по биоинформатике и вычислительной биологии.

• Статьи П. А. Певзнера в журнале Квант
• соавт. Компьютерный анализ генетических текстов / М. Д. Франк-Каменецкий (ред.). — М.: Наука, 1990. — 267 с. — ISBN 5020046914.
• P. Pevzner. Computational Molecular Biology. — MIT Press, 2000.
• N. Jones, P. Pevzner. An Introduction to Bioinformatics Algorithms. — MIT Press, 2004.
• Bioinformatics for Biologists / P. Pevzner, R. Shamir (eds.). — Cambridge University Press, 2011. — 394 p. — ISBN 1107648874.
• P. Compeau, P. Pevzner. Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach. — Active Learning Publishers, 2014.

Избранные статьи

• S. Hannenhalli, P. A. Pevzner. Transforming cabbage into turnip: polynomial algorithm for sorting signed permutations by reversals. Journal of the ACM, 1999, vol. 46, pp. 1—27^[18].
• P. A. Pevzner, H. Tang, M. S. Waterman. An Eulerian path approach to DNA fragment assembly. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2001, vol. 98, pp. 9748—9753^[18].
• P. E. Compeau, P. A. Pevzner, G. Tesler. How to apply de Bruijn graphs to genome assembly. Nature Biotechnology, 2011, vol. 29, pp. 987—991^[18].
• A. Bankevich, S. Nurk, D. Antipov et al. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. Journal of Computational Biology, 2012, vol. 19, pp. 455—477^[18].
• S. Kim, P. A. Pevzner. MS-GF+ makes progress towards a universal database search tool for proteomics. Nature Communications, 2014, vol. 5, article 5277^[18].
• S. Nurk, D. Meleshko, A. Korobeynikov, P. A. Pevzner. metaSPAdes: a new versatile metagenomic assembler. Genome Research, 2017, vol. 27, pp. 824—834^[18].
• M. Kolmogorov, J. Yuan, Y. Lin, P. A. Pevzner. Assembly of long, error-prone reads using repeat graphs. Nature Biotechnology, 2019, vol. 37, pp. 540—546^[18].
• I. Tolstoganov, Z. Chen, P. Pevzner, A. Korobeynikov. SpLitteR: diploid genome assembly using TELL-Seq linked-reads and assembly graphs. PeerJ, 2024^[19].
• Z. Zhang, I. Gupta, P. A. Pevzner. GenomeDecoder: inferring segmental duplications in highly repetitive genomic regions. Bioinformatics, 2025^[19].
• D. Yoo et al. Complete sequencing of ape genomes. Nature, 2025^[19].
• Z. Zhang, M. W. Fedarko, A. Bankevich, P. A. Pevzner. MGA: a tool for haplotype-mixed assembly of long and accurate reads. Genome Biology, 2026^[19].

• 2006 год — звание HHMI Professor и премия Медицинского института Говарда Хьюза в 1 000 000 долларов США за внедрение современных методов обучения.
• 2007 год — премия Калифорнийского университета в Сан-Диего за исследовательские достижения.
• 2010 год — избран действительным членом Ассоциации вычислительной техники (ACM Fellow) за вклад в создание алгоритмов расчёта генома^[20][21].
• 2011 год — Почётный доктор Университета Саймона Фрейзера.
• 2012 год — избран действительным членом Международного общества вычислительной биологии (ISCB Fellow)^[22].
• 2016 год — избран членом Европейской академии по секции информатики^[23].
• 2017 год — премия Международного общества вычислительной биологии ISCB Accomplishments by a Senior Scientist Award за почти 30 лет работы в области биоинформатики, в частности за значительный вклад в исследования и образование.
• 2018 год — избран членом Американской ассоциации содействия развитию науки (AAAS Fellow)^[24].
• 2018 год — награда ассоциации вычислительной техники имени Париса Канеллакиса (ACM Paris Kanellakis Theory and Practice Award)^[25].