В 1951—1957 годах служил в храме в городе Вологде. По воспоминаниям Никиты Кривошеина, отбывавшего с ним срок в лагере, «на приходе в Вологде, проповедовал проникновенно, раздал несколько бердяевских книжек молодым людям, устраивал музыкальные вечера. Было в нём такое сильное „не наше“, что долго ждать лагерного срока ему не пришлось»[1].
27 февраля 1957 года был арестован управлением КГБ по Вологодской области по обвинению в антисоветской агитации. Обвинение основывалось на хранении священником православной литературы и его беседах с верующими на религиозные темы. В мае 1957 года приговорён Вологодским областным судом к 10 годам лишения свободы, заключение отбывал в Дубравлаге (Мордовия)[2]. Никита Кривошеин вспоминал, что в лагере «ходить к нему за утешением не надо было: одно то, с какой кротостью он терпел сосуществование с лагерниками, не похожими на ангелов, лишение церковной радости, отрыв от своих, труд по понуждению и было для всех утешением. Всегда ровный, неизменно умный, ласково-улыбчивый…»[1]. Сохранились и опубликованы письма, которые посылал в лагерь священнику Вячеславу Якобсу таллинский протоиерей Валерий Поведский.
В июне 1960 года срок заключения ему был снижен до пяти лет, и 12 сентября 1960 года священник Вячеслав Якобс был условно-досрочно освобождён. Реабилитирован 14 октября 1988 года.
С ноября 1960 года — настоятель храма Иоанна Предтечи в Нымме (Таллин).
В 1974 году овдовел. По собственному признанию: «К сожалению, матушка рано умерла. Мой арест, тюрьма. А на руках — две дочки… Конечно, это подорвало ее и без того слабое здоровье»[3].
Впоследствии награждён митрой. Избирался председателем приходского совета.
С 11 августа 1992 года, в связи с решением Священного синода РПЦ о предоставлении Эстонской православной церкви автономии, стал предстоятелем Эстонской православной церкви с титулом епископ «Таллинский и всея Эстонии».
В 1993 году был временным членом Священного синода Русской православной церкви.
С 6 ноября 2000 года — митрополит Таллинский и всея Эстонии.
Последовательный сторонник сохранения Эстонской православной церкви в юрисдикции Московского патриархата. В 1993 году самостоятельный характер этой церкви в составе Московского патриархата был подтверждён патриархом Алексием II (первоначально соответствующее решение было принято ещё патриархом Тихоном в 1920 году). Однако в течение длительного времени статус церкви в современной Эстонии носил неопределённый характер (так как значительная часть эстонских политиков поддерживали конкурирующую структуру — Эстонскую апостольскую православную церковь Константинопольского патриархата), и лишь в 2001 году её устав был официально зарегистрирован эстонскими властями.
24 декабря 2015 года Священным синодом, «принимая во внимание важность участия в руководстве работой Архиерейского Собора предстоятелей автономных и самоуправляемых частей Московского Патриархата», включён в состав Священного синода на время работы Собора.
28 ноября 2017 года Священным синодом, «принимая во внимание важность участия в руководстве работой Архиерейского Собора предстоятелей автономных и самоуправляемых частей Московского Патриархата», включён в состав Священного Синода на время работы Собора.
4 декабря 2017 года Патриархом Московским и всея Руси Кириллом удостоен права ношения второй панагии.
Дед — Василий Христианович Якобс (1827—1908) — генерал-майор, военный инженер.
Отец — Василий Васильевич Якобс (из Нарвы), родился в 1874 году, окончил Николаевское кавалерийское училище, полковник белой Северо-Западной армии (1919 год), эмигрировал в Эстонию. После присоединения Эстонии к СССР был арестован, расстрелян в Москве в 1940 году (или 1941).
Илляшевич, В. Н. Русские судьбы Эстонии. — Таллин : Фонд поддержки интеграции, 2007. — 455 с. — ISBN 978-9949-15-458-6
Балашов, Н., прот., Прекуп И., прот.. Проблемы Православия в Эстонии: Õigeusu probleemid Eestis : о книге архимандрита Григория Папатомаса «Несчастье быть маленькой церковью в маленькой стране». — Доп. и перераб. ред. — Таллинн, 2013. — 130 с. — ISBN 978-9949-33-132-1
Митрополит Таллинский и всея Эстонии Корнилий (Якобс) // Православные храмы Эстонии. Книга-альбом. / Печатается по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Председатель редакционного совета митрополит Таллинский и всея Эстонии Корнилий. — Таллин — Москва: Синод Эстонской Православной церкви Московского патриархата; Издательский Совет Русской Православной церкви, 2007. — С. 144-146.
Наречение и хиротония архимандрита Корнилия (Якобса) во епископа Таллинского // Журнал Московской Патриархии. 1991. — № 8. — С. 18-20.