В 1979 году защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата исторических наук по теме «Транснациональные корпорации и внешняя политика США» (специальность 07.00.05 — история международных отношений и внешней политики)[8].
В 1989 году защитил диссертацию на соискание учёной степени доктора исторических наук по теме «Роль и место Западной Европы в стратегии США в отношении СССР (1945—1988)»[3][9].
С 1974 по 1977 год Караганов стажировался в миссии СССР при ООН. С 1978 по 1988 год работал в Институте США и Канады АН СССР в должностях младшего, затем старшего научного сотрудника, заведующий сектором[3].
В 1978—1989 годах изучал Афганскую войну в качестве научного журналиста. Автор трёх научных работ про ввод ОКСВ (40-ой армии) и подразделений КГБ СССР в ДРА.
С 1988 года Караганов работал в Институте Европы АН СССР (РАН), с 1989 года — заместителем директора.
Научные интересы — внешняя и военная политика СССР/России, взаимодействие между Россией и Западом в политической, экономической областях и сфере безопасности. Мировая политика. Международная интеграция. Глобализация. США и Великобритания[3].
Караганов много занимался преподаванием, читал лекции в различных российских и зарубежных университетах и исследовательских институтах. Во время весеннего семестра 1991 — почётная кафедра им. Б. А. Роллинга в Гронингенском университете. С 2002 — заведующий кафедрой мировой политики Государственного университета — Высшей школы экономики (ГУ-ВШЭ). С 2006 по 2018 год — декан факультета мировой экономики и мировой политики ГУ-ВШЭ, с 2018 года — научный руководитель этого же факультета[10]. С 2021 года является научным руководителем факультета мировой экономики и мировой политики НИУ ВШЭ[3].
Караганов — автор и редактор 17 книг и брошюр, опубликовал более 250 статей по проблемам экономики, внешней политики, контроля над вооружениями, стратегии национальной безопасности, внешней и военной политики России. Статьи и книги опубликованы в России, США, Германии, Франции, Великобритании, Нидерландах, Финляндии, Дании, Греции и других странах.
С 2002 года — основатель и председатель редакционного совета журнала «Россия в глобальной политике». Член редакционного совета журнала «Полития».
В 1989—1991 Караганов был официальным экспертом Комитета по международным отношениям Верховного Совета СССР. С 1991 — член Совета по внешней политике МИД РФ.
С 1992 года Караганов был одним из основателей влиятельной российской общественной организации, занимающейся обсуждениями и экспертизой в сфере международной политики, включая её силовые аспекты — Совета по внешней и оборонной политике (СВОП). С 1994 года — председатель президиума СВОП. В 2004 году СВОП стал одним из учредителей клуба «Валдай», в заседаниях которого регулярно участвует президент России Владимир Путин. По состоянию на 2024 год, Совет объединяет более 200 авторитетных представителей деловых кругов и средств массовой информации, крупных политиков, руководителей силовых структур, Караганов является почётным председателем президиума СВОП, а модератором заседаний клуба друг и коллега Караганова, журналист Фёдор Лукьянов.
В 1993—1999 годах Караганов был членом Президентского совета РФ. С 1993 — член научно-консультативного совета при Совете Безопасности РФ. С 1996 — член консультативного совета при Председателе Совета Федерации РФ. С 1996 — сопредседатель попечительского совета Фонда развития парламентаризма в России. Член Попечительского Совета Фонда ИНДЕМ. С 2001 — советник заместителя руководителя Администрации президента РФ по внешней политике.
Как комментатор Караганов участвовал в телепроектах «Намедни 1961—1991: Наша эра», «Большая игра». Одним из ведущих экспертной программы на Первом канале является ученик Караганова Дмитрий Суслов. Также Караганов в качестве эксперта и комментатора принимал участие во многих телепередачах о международной политике.
В октябре 2022 года в «Российской газете» была опубликована статья Караганова «Мы наблюдаем появление нового мира в момент его создания», где среди важных целей военных действий на Украине политолог назвал недопущение создания на границах России военного наступательного плацдарма Запада, противостояние с системой глобального доминирования Запада, которую он охарактеризовал как «глобалистский империализм». Действия России автор оценил как направленные на предотвращение третьей мировой войны и переходу к «миру конструктивного созидания, обретения народами и странами свободы, справедливости и достоинства»[11]. В июне 2023 года большой общественный резонанс вызвала статья Караганова в журналах «Профиль» и «Россия в глобальной политике», где политолог обсуждал риски ядерной конфронтации с Западом и возможного применения в боевых действиях ядерного оружия в целях избежания глобальной катастрофы[12].
7 июня 2024 года Караганов был модератором стратегической пленарной сессии Петербургского международного экономического форума с участием президента России Владимира Путина, где обсуждались перспективы роста российской экономики, новых тенденций международного экономического партнёрства и урегулирования конфликта на Украине[3].
С 1992 года Караганов был сопредседателем Российско-украинского форума (регулярные встречи представителей экономических и политических элит двух стран), ныне Общественный деловой совет Россия-Украина. В 1994—1995 годах Караганов — сопредседатель (совместно с О. Ламбсдорфом) Комитета по экономическому развитию Комиссии «Большая Европа» (Комиссия Ширака).
Орден Александра Невского (5 сентября 2022 года) — за большой вклад в реализацию внешнеполитического курса Российской Федерации и многолетнюю добросовестную работу[18]
Орден Дружбы (24 октября 2017 года) — за большой вклад в развитие науки и образования, подготовку квалифицированных специалистов[19].
Премия Правительства Российской Федерации 2016 года в области средств массовой информации (3 декабря 2016 года) — за популяризацию вопросов внешней политики на страницах журнала «Россия в глобальной политике»[21].
Россия: состояние реформ = Russia, the State of Reforms: Study report of the Institute of Europe. — Gütersloh: Bertelsmann Foundation Publishers, 1993. — 96 p. — (Strategien und Optionen für die Zukunft Europas). — ISBN 978-3892040835.
Совм. с F. Iklé. Гармонизация эволюции оборонной политики России и США = Harmonizing the Evolution of U.S. and Russian Defense Policies. — Washington, DC: Center for Strategic and International Studies, 1993. — 46 p. — (CSIS Panel Report). — ISBN 978-0892062539.
Куда идёт Россия? Внешняя и военная политика в новую эру = Where is Russia going? Foreign and defence policies in a new era. — Frankfurt am Main: Peace Research Institute Frankfurt, 1994. — 36 p. — (PRIF reports). — ISBN 978-3928965415.
Совм. с В. Б. Беловым. Whither western aid to Russia: A Russian view of western support. — Gütersloh: Bertelsmann Foundation Publishers, 1994. — 92 p. — (Strategien und Optionen für die Zukunft Europas). — ISBN 978-3892041320.
Экономическая роль России в Европе (в соавторстве с О. Ламбсдорфом). — М., 1995 (также опубликована на англ.яз.).
Геополитические перемены в Европе, политика Запада и альтернативы для России. — М., 1995 (отв.редактор).
Zurück zum Imperium? Russische Außen- und Verteidigungspolitik in einer neuen Ära (в сборнике: Eine Welt oder Chaos?) — Suhrkamp Verlag, Frankfurt am Main, 1996[22][23].
К созданию сообщества демократических государств (в соавторстве с Г. Эллисоном, К. Кайзером), 1996.
Российско-американские отношения на рубеже веков. Доклады рабочих групп: СВОП и Фонда Карнеги за международный мир. — М., 2000.
Стратегия для России: Повестка дня для Президента-2000 (отв. редактор). — М., 2000.
Стратегия для России. 10 лет СВОП (отв. редактор). — М., 2002.
Россия и мир. Новая эпоха. 12 лет, которые могут все изменить / Отв. ред. и рук. авт. кол. С. А. Караганов. — М.: АСТ: Русь-Олимп, 448 стр. 2008 ISBN 978-5-17-050151-9 ISBN 978-5-9648-0186-3
Россия vs Европа. Противостояние или союз? / Под редакцией С. А. Караганова и И. Ю. Юргенса Издательства: Астрель, Русь-Олимп, 384 стр. 2010 ISBN 978-5-271-25038-5 ISBN 978-5-9648-0297-6
↑Караганов Александр Васильевич // Италия — Кваркуш. — М. : Советская энциклопедия, 1973. — (Большая советская энциклопедия : [в 30 т.] / гл. ред. А. М. Прохоров ; 1969—1978, т. 11).
↑Странники войны: Воспоминания детей писателей. 1941-1944 / Автор-составитель Н. Громова. — М.: Астрель, 2012. — 448 с. — 3000 экз. — ISBN 978-5-271-44975-8.
↑Караганов, Сергей Александрович. Транснациональные корпорации и внешняя политика США: Автореф. дис. на соиск. учён. степ. канд. ист. наук : (07.00.05). — Москва : [б. и.], 1979. — 26 с.
↑Караганов, Сергей Александрович. Роль и место Западной Европы в стратегии США в отношении СССР (1945—1988 гг.) Автореф. дис. на соиск. учён. степ. д. ист. н. — Москва: [б. и.], 1989. — 38 с.
Караганов Сергей Александрович (неопр.). Российский совет по международным делам (3 декабря 2012). — Справочник экспертов. Дата обращения: 12 марта 2014.