Переход от возделывания степи к кочевой жизни вкупе с регулярными нападениями бедуинов племени хилал привели в XI веке к переносу столицы из Кайруана в Тунис. С тех пор захиревший Кайруан развивался как удалённый от столицы торг для сбыта продовольствия кочевникам.
В Кайруане уцелело множество мечетей, среди которых первое место занимает соборная мечеть Кайруана, заложенная вместе с городом в 670 году. Нынешнее здание, более напоминающее крепость, с 35-метровым минаретом, — памятник эпохи Аглабидов. Материалы для её строительства были привезены из разрушенного арабами Эль-Джема, в их числе — 414 античных колонн. В 1057 году мечеть сильно пострадала от набега кочевников.
Помимо самой мечети, к святыням Кайруана относятся гробница одного из спутников Мухаммеда и круглый 73-метровый бассейн («Аглабидcкий бассейн») IX века. Эти памятники расположены за пределами древней медины, обнесённой стеной.