Харьковский университет принадлежал к числу тех немногих в России высших учебных заведений, которые создала инициатива местного общества.
В. Н. Каразин
Мысль об учреждении университета возникла у Василия Назаровича Каразина, в то время управляющего делами в одном из комитетов Министерства народного просвещения. Ещё в 1802 году она была им высказана в беседе с императором Александром I и получила полное одобрение. В Харькове эта мысль также получила поддержку общества; 30 мая 1802 года в Харькове собралось дворянство для принесения императору благодарности и обсуждения вопроса об университете; Каразин зачитал свой проект устройства будущего университета. По его мысли университет должен был явиться «не школой по немецкому образцу устроенной, а всеобъемлющим училищем», заключающем в себе соединение различных академий (наук, искусств, инженерной, духовной), университета и низших профессиональных школ. Было принято постановление о сборе средств среди дворянства и купечества. Войсковые обыватели уступили под строительство университета более 130 гектаров земли. Приняли участие в пожертвованиях и другие города Харьковской губернии, а также дворянство соседних губерний. В Санкт-Петербурге 24 января 1803 года состоялось Высочайшее соизволение на учреждение в Харькове университета, попечителем которого был назначен граф С. О. Потоцкий. Все хозяйственные распоряжения были поручены В. Н. Каразину и профессору И. Ф. Тимковскому. К началу 1805 года был подобран первый состав преподавателей, приглашённых Потоцким главным образом из-за границы, и 17 (29) января 1805 года состоялось торжественное открытие университета.
Новый университет был организован в соответствии с уставом 1804 года и имел четыре отделения:
словесных наук
нравственных и политических наук
физических и математических наук
врачебных и медицинских наук (фактически, из-за отсутствия желающих на нём учиться было открыто только в 1811 году)
В университете было предусмотрено 25 кафедр. При открытии университета не хватало половины положенного по уставу числа профессоров: первые 57 студентов университета начали занятия под руководством 25 преподавателей: 9 профессоров, 11 адъюнктов, одного лектора и четырёх преподавателей искусств. В первое десятилетие из 47 преподавателей университета 29 были иностранцами (из них 18 немцев, 4 француза и 7 славян) и только 18 — русского происхождения. Значительная их часть преподавала учебные курсы на немецком языке и латыни. Наиболее выдающимися среди них были Роммель и Шад, а также химик Ф. И. Гизе, анатом Л. О. Ванноти и ветеринар Ф. В. Пильгер. Из профессоров славянского происхождения обращал на себя внимание А. И. Стойкович. Из русских профессоров крупными научными силами были: И. Ф. Тимковский, И. С. Рижский, Т. Ф. Осиповский.
В первые годы существования университета Совету университета приходилось заботиться о привлечении не только профессоров, но и студентов, число которых в то время было крайне скудно. Причина — отсутствие подготовительных учебных заведений. Главные народные училища не давали своим питомцам необходимого для тогдашней университетской науки классического образования. Подготовленных слушателей могли дать университету Харьковский коллегиум и Белгородская семинария, из которых казённокоштными студентами были приняты с разрешения Синода 33 семинариста. Для привлечения дворян попечителю приходилось обращаться к содействию губернаторов. Для купцов и мещан поступление в университет возможно было только после получения увольнительного свидетельства от их обществ, выхлопотать которое было нелегко. Лицам податных сословий поступление в университет было ещё более трудно, да и по одному из разъяснений министра народного просвещения, во время пребывания своего в университете, они считались не студентами, а только вольнослушателями. В 1805 году изъявили желание поступить в университет ещё 41 человек, однако после сдачи экзаменов были приняты только 24 из них. Таким образом всего было принято 57 студентов. Был даже открыт подготовительный класс, который существовал несколько лет; сначала для тех, кто готовился к вступительным экзаменам, а затем и для студентов, только что поступивших в университет.
В 1807 году в университете было 65 студентов, в 1809 — 72, в 1811 — 118. Обычно, заполнены были только вакансии казённокоштных; своекоштных поступало мало, особенно на отделение врачебных наук (медицинский факультет), где первый полноценный выпуск принятых в 1811 году студентов, состоялся только в 1814 году; до этого, в 1808 году был выпущен 1 лекарь, в 1809 — 2 лекаря, в 1812 — 1 лекарь, в 1814 году — 6 кандидатов медицины и 2 лекаря. Чтобы привлечь слушателей на этот факультет, университет должен был давать им разные льготы. Недостаток в студентах заставлял университет относиться очень снисходительно к познаниям лиц, желающих попасть в студенты.
В 1815 году из-за изменения политической ситуации большинство иностранных профессоров было вынуждено оставить Харьковский университет. И в следующее двадцатилетие иностранцев было 23 %, а русских — 77 %.
В 1835 году в университете было уже 263 студента, в основном выпускники Харьковской гимназии.
По университетскому уставу 1835 года были организованы три факультета — философский, юридический и медицинский, но философский разделялся на 2 отделения (1-е включало философский, исторические и языковые науки (историко-филологическое); 2-е было физико-математическим — в 1850 году эти отделения стали самостоятельными факультетами).
В течение первых ста лет большую часть выпускников составляли юристы и врачи.
Петров Ф. А. Формирование системы университетского образования в России. Т.1. Российские университеты и Устав 1804 года. — М., 2002; Т.2. Становление системы университетского образования в первые десятилетия XIX в. — М., 2002; Т.3. Университетская профессура и подготовка Устава 1835 года. — М., 2003; Т.4. Российские университеты и люди 1840-х годов. Ч.1. Профессура. Ч.2. Студенчество. — М., 2003.