После завершения игровой карьеры стал тренером юношеской команды «Аякса». С 2001 по 2002 год был ассистентом Ко Адриансе в «Аяксе», но после увольнения Адриансе Джон также покинул клуб и стал главным тренером «Твенте». В 2002 году ван ’т Схип вернулся в амстердамский клуб и возглавил резервную команду «Аякса». С 2004 по 2008 год являлся ассистентом главного тренера в национальной сборной Нидерландов. В 2008 году, после назначения на пост главного тренера «Аякс» Марко ван Бастена, Джон оставил сборную и вернулся в «Аякс» в качестве ассистента тренера.
6 мая 2009 года, после отставки Марко ван Бастена, ван ’т Схип был назначен исполняющим обязанности главного тренера «Аякса» до 30 июня 2009 года, но спустя двадцать дней, 26 мая, ван ’т Схипа на посту главного тренера сменил Мартин Йол, который до этого руководил немецким «Гамбургом». В октябре 2009 года Джон возглавил австралийский клуб «Мельбурн Харт», который был основан только в 2008 году, для команды ван ’т Схип стал первым тренером. В сезоне 2010/11 «Мельбурн Харт» (с 2014 года — «Мельбурн Сити») был впервые включён в список участников чемпионата Австралии[2].
Тренерскую карьеру Ван ’т Схип начал 1997 году в «Аяксе», где начинал работать с молодёжными командами.
Первый опыт самостоятельной работы во взрослой команде получил в 2001 году, когда возглавил «Твенте». С 2004 по 2008 годы был ассистентом в сборной Нидерландов.
В 2010 году Джон стал главным тренером австралийского «Мельбурн Харт». Тремя годами позже возглавил «Мельбурн Сити», вместе с которым выиграл Кубок Австралии.
В 2017 году вернулся в Нидерланды, став наставником «Зволле». С 2019 по 2021 год был главным тренером сборной Греции.
В октябре 2023 года возглавил «Аякс». Под его руководством клуб занял пятое место в чемпионате страны, после чего Ван ’т Схип покинул свой пост.
В феврале 2025 года специалист стал главным тренером сборной Армении[3]. В августе покинул пост[4].
В августе 2026 года Ван ’т Схип достиг договорённости с Казахстанской федерацией футбола о работе в качестве главного тренера национальной сборной Казахстана[5][6].
Аякс
Дженоа
