Станция Джанкой, 1897 год. Фото Антон Юлиус Стуксберг
Джанкойский вокзал, 1910 год
В 2006 — 2007 годах было реконструировано путевое хозяйство, проведён ремонт станционных построек и вокзала, который был разделён на пригородный и основной. Пригородный вокзал был построен с нуля с использованием высоких платформ для остановки электропоездов с использованием турникетной системы. После реконструкции зданий и площади основного вокзала это место стало популярным среди жителей города, прежде всего молодёжи.
На март 2014 года станция Джанкой была одной из трёх, наряду с Севастополем и Симферополем, станций Крымской железной дороги, где использовалась автоматизированная система контроля оплаты проезда в пригородных поездах.
С апреля по декабрь 2014 года на станции осуществлялся пограничный и таможенный досмотр пассажиров и грузов, следовавших с территории Украины и в обратном направлении.
По состоянию на начало 2020 года, станция принимает и обрабатывает ежедневно не менее 10 пар местных поездов и две пары фирменных поездов дальнего следования № 007А/008С «Таврия» из Санкт-Петербурга (Санкт-Петербург — Севастополь) и двухэтажные составы поезда № 028Ч/028С «Таврия» (Москва — Симферополь) из Москвы.
23 декабря 2019 года возобновлён пассажирский железнодорожный маршрут, связывающий Крым с материковой Россией и пролегающий теперь по Крымскому мосту. Первый поезд из Санкт-Петербурга прибыл в Таврическую губернию в июне 1875 года. Перевозки по маршруту осуществляет частная транспортная компания «Гранд Сервис Экспресс» собственным подвижным составом повышенной комфортности.
Приднепровская железная дорога // Железнодорожный транспорт: энциклопедия / гл. ред. Н. С. Конарев. — М.: Большая российская энциклопедия, 1994. — С. 324. — ISBN 5-85270-115-7.