С проблемой охраны окружающей среды Москва остро столкнулась в XX веке, в период особенно активного роста и промышленного развития, когда площадь города в течение столетия увеличилась с 242 до 1070 км². Именно в Москве в 1983 году был учреждён один из первых двух в СССРнациональных парков — «Лосиный Остров».
В 1988 году был образован Московский городской комитет по охране природы.
В 1989 году на девятой сессии Моссовета было принято решение о проведении паспортизации всех природных территорий в черте Москвы.
В 1991 году в столице был создан первый в стране природный парк — «Битцевский лес».
В 1993 году комитет был преобразован в Московский городской комитет охраны окружающей среды и природных ресурсов. Оба эти органа контролировали вопросы охраны природы и улучшение экологической обстановки в столице.
В 1999 году государственной экологической экспертизой было вынесено положительное заключение Генеральному плану Москвы, в котором учитывалось сохранение природного комплекса города.
29 августа2000 года был учреждён Департамент природопользования и охраны окружающей среды города Москвы.
Департамент обеспечивает контроль и надзор за соблюдением законодательства в сфере охраны окружающей среды, природных ресурсов, обращения с отходами, использования и охраны земель и атмосферного воздуха. Также он занимается разработкой и реализацией программ по сохранению и восстановлению природных комплексов, озеленению и благоустройству города, а также осуществляет экологическую экспертизу проектов.
Кроме того, департамент занимается организацией и проведением мероприятий по защите населения и территорий от чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера, связанных с загрязнением окружающей среды. Он также участвует в разработке и реализации международных программ и проектов по вопросам охраны окружающей среды.