К водородным бактериям не относят облигатно гетеротрофных бактерий и некоторых автотрофных бактерий (ацетогенов и карбоксидобактерий), несмотря на их способность использовать водород в качестве донора электронов[1].
Водородные бактерии широко распространены в почве, где они окисляют водород, постоянно образующийся при анаэробном разложении микроорганизмами различных органических остатков. Также они выступают в качестве продуцентов в континентальных и морских гидротермальных сообществах[4].
У большинства водородных бактерий окисление протекает с участием кислорода:
H2 + ½O2 → H2O
Реже окисление водорода осуществляют автотрофы, использующие в качестве терминального акцептора электронов другие вещества, например, сульфат (SO42-)[4].