Основана в 1947 году на месте бывшей военной базы армии США «Лагерь Аптон». Используется Брукхейвенской научной ассоциацией для исследований Министерства энергетики США, в основном — в области ядерной физики. В лаборатории работает более 3000 учёных, инженеров, техников и работников вспомогательного персонала. Ежегодно сюда приезжает работать 4000 исследователей со всего мира. Открытия, сделанные в этой лаборатории, были награждены семью Нобелевскими премиями.
Случайная и широко освещённая в прессе утечка трития в грунтовые воды в 1990-х годах вызвала возмущение окрестных жителей и привела к перестановкам в системе управления лабораторией.
Лаборатория открыта для публики летом по воскресеньям для экскурсионных туров и специальных программ.
Рядом с лабораторией расположен офис прогноза погоды (Аптон, Нью-Йорк) — отделение Национальной метеорологической службы.
К Брукхейвенской национальной лаборатории относится мачта высотой 120 метров, на которой размещено оборудование для производства высотных метеорологических наблюдений.[2]
1957 — Янг Чжэньнин и Ли Чжэндао «За пристальное изучение так называемых законов чётности, которое привело к важным открытиям в области элементарных частиц»;
1976 — Сэмюэл Тинг «За основополагающий вклад по открытию тяжёлой элементарной частицы нового типа» (J/ψ-мезона);
1980 — Джеймс Кронин и Вал Фитч «За открытие нарушений фундаментальных принципов симметрии в распаде нейтральных K-мезонов»;