Публикует прозу, критику и эссеистику в «толстых» журналах «Знамя», «Октябрь», «Новый мир» и др. Работал в газете «ExLibris — НГ» (приложение к «Независимой газете»), где на протяжении многих лет вёл отдел массовой литературы, и газете «Книжное обозрение». Пишет как фантастическую, так и реалистическую прозу.
Переводился на английский, немецкий, французский, китайский, польский, сербский и норвежский языки.
Дебютировал в «Новом мире» циклом рассказов «Кормление старого кота» (1996). В 1997 году напечатал в «Знамени» роман «Свидетель» (книжная публикация — 2001 год). В 2002 году критик Сергей Костырко отмечал: «Проза Владимира Березина не может не вызывать в памяти имена Хемингуэя, Виктора Шкловского, отчасти — Юрия Казакова, отчасти — авторов исповедальной молодёжной прозы шестидесятых годов»[4].
В серии ЖЗЛ издал две биографии — посвящённую инженеру Виктору Полякову (2007) и писателю Виктору Шкловскому (2014). Последняя была высоко оценена критиками. Отмечается построение: книга «написана одновременно в жанре документального монтажа и классической биографии: первая составляющая заметно преобладает над второй, что, впрочем, не выглядит недостатком: цитаты из личных писем, воспоминаний Виктора Шкловского и его современников, статей, художественных произведений и официальных документов благодаря тщательному подбору, авторским пояснительным ремаркам и подробным постраничным комментариям превращаются в живой самостоятельный текст»[5], что Березин стилизовал язык биографии Шкловского непосредственно под язык самого Шкловского.
В книге «Диалоги. Никого не хотел обидеть» (2008) автор собрал и записал свои беседы с разными людьми[6].
В 2010 году принял участие в межавторском цикле «Метро» с романом «Метро 2033. Путевые знаки», который вызвал смешанные отклики, а на следующий год — в проекте S.T.A.L.K.E.R. с романом «Группа Тревиля».
«Путь и шествие» с подзаголовком «(Роман-странствие)» (2010) — это «парадоксальный роман о философии путешествия, в котором герои постоянно движутся, рассказывая друг другу то смешные, то трагические истории и попадая в ситуации не менее смешные или трагические. Роман, не похожий ни на что и отсылающий к сотне всем известных сюжетов»[7].
Роман-пародия «Птица Карлсон». (Роман о летающем человеке) (2010)[8] вышла сразу в двух редакциях, «мужской» и «женской», которые немного отличаются обложками и содержанием. По характеристике рецензента, это — постмодернистская головоломка: «Знакомый нам с детства Карлсон неутомимо меняет гоголевский тарантас на пилатовский бархатный плащ с кровавым подбоем, бороду Черномора на гриб и трубку кэрролловской гусеницы, серую пелену гамлетовского призрака на дорожный наряд хоббита, бэрриморовский костюм на дареный заячий тулуп, межпланетный аппарат красноармейского разведчика на вырезанное тело деревянной куклы, и так до бесконечности»[9]. Также в книге было опубликовано произведение «Конвент» — сборник эссе о полувымышленных писателях-фантастах, съезжающихся на ежегодный писательский конвент[9].
Фантастический роман «Последний мамонт» (Полярный роман) (2012) рассказывает о поисках героем последнего живого мамонта, он получил премию «Книгуру» и был номинирован на премии «Портал» и «Мраморный фавн», вошёл в лонг-лист премий «Нос» и «Большая книга».
В 2018 году была опубликована книга «Он говорит» (Фрактальный роман), характеризуемая критиками так: новая книга «кажется собранием необязательных баек, которыми перекидываются мужики в общей палате травматологического отделения больницы. Но за как бы несерьезной формой стоит мощная традиция — от „Декамерона“ Боккаччо до „Нашего Декамерона“ Эдварда Радзинского, от средневековых фацеций до „Современного патерика“ Майи Кучерской. Которая держит автора и не дает его героям заболтаться»[10].
В 2018 году написал повесть «Зелёная палочка» в жанре альтернативной реальности — о мире, построенном по принципам толстовства[5].
Роман «Дорога на Астапово». (Путевой роман) в журнальном варианте был опубликован в 2010 году, а как книга — в 2018 году, став номинантом премии «Ясная Поляна»-2019. Книга рассказывает о том, как четыре главных героя — Писатель, Архитектор, Краевед и Директор Музея — отправляются по знаковому для русской культуры маршруту из Ясной Поляны к месту смерти Льва Толстого на станции Астапово.
Роман «Уранотипия» о русских картографах и разведчиках в Палестине XIX века, опубликованный в начале 2024 года в журнале «Новый мир», в том же году вошёл в шорт-лист премий «Большая книга» и «Ясная Поляна»[11][12].