С 21 апреля 2015 по 5 октября 2016 года Аксаков был председателем думского комитета по экономической политике, инновационному развитию и предпринимательству[2]. Член фракции «Справедливая Россия — За правду»[1].
С 1986 года — преподаватель Чувашского государственного университета, доцент кафедры экономической теории и рыночного хозяйства. В 1989 году на собрании преподавателей кафедр общественных дисциплин ЧГУ им. И. Н. Ульянова преподаватель политэкономии Аксаков предложил кандидатуру преподавателя «Научного коммунизма» Николая Фёдорова в качестве кандидата в народные депутаты СССР.
Аксаков избирался депутатом Государственного совета Чувашской Республики (1994—1995). С 1994 по 1997 — заместитель директора Института экономики, финансов и права (Чебоксары).
С 1995 по 1997 год Аксаков руководил чебоксарскими филиалами московских коммерческих банков; был директором Чувашского отделения Коммерческого банка «Россия-МАЛС».
С 1997 по 2000 год Аксаков занимал пост заместителя председателя Кабинета министров — министра экономики Чувашской Республики. Под руководством Аксакова были разработаны программа перехода Чувашии на рыночные отношения, антикризисная программа 1998 года и программа социально-экономического развития Чувашии на 1998—2003 годы, на выполнение которых негативно повлиял экономический кризис 1998 года. Разработал и внедрил критерии оценки работы глав районов и городов Чувашии, внедрял ипотечное кредитование населения Чувашии, различные механизмы стимулирования жилищного строительства в регионе, поддержки малого и среднего бизнеса, модернизации крупных производств.
В 1999 году получивший известность в Чувашии Аксаков был впервые избран в Госдуму РФ — по одномандатному Чебоксарскому округу. В 1999—2003 годах — депутат Государственной Думы РФ третьего созыва, заместитель председателя Комитета по экономической политике и предпринимательству[1]. В 2002—2009 годах Аксаков был членом [[Национальный банковский совет|Национального банковского совета Центробанка РФ по квоте Госдумы[1].
В 2003—2007 годах — депутат Госдумы РФ четвёртого созыва, вновь избирался по одномандатному Чебоксарскому округу, в этом созыве занимал пост заместителя председателя Комитета по кредитным организациям и финансовым рынкам[1].
В 2007—2011 годах Аксаков — депутат Государственной Думы РФ пятого созыва, был избран по спискам политической партии «Справедливая Россия», заместитель председателя Комитета по кредитным организациям и финансовым рынкам. 6 августа 2009 года Аксаков выступил с идеей: «Чтобы вывести Россию из кризиса, нужно девальвировать рубль ещё на 30-40 %[6]». После этого рубль упал, а Аксакова вывели из Национального банковского совета[7].
С 2011 года — депутат Государственной Думы РФ шестого созыва, был избран по спискам партии «Справедливая Россия», до апреля 2015 года — заместитель председателя Комитета по финансовому рынку, в апреле 2015 года избран председателем Комитета по экономической политике, инновационному развитию и предпринимательству[1].
Председатель Комитета по финансовому рынку Анатолий Аксаков, 2021 год
По инициативе Аксакова были организованы и проведены парламентские слушания и круглые стол по темам обеспечения экономической безопасности России, стимулирования инвестиций в экономику, жилищного строительства, формирования Международного финансового центра и современной банковской системы в России, поддержки и развития импортозамещения и другим проблемам.
С 2021 года Аксаков — депутат Госдумы РФ VIII созыва. Избран 19 сентября 2021 года от блока «Справедливая Россия — За правду» по Канашскому одномандатному округу № 37 (Чувашия) с результатом 41,64 %% голосов. Член фракции «Справедливая Россия — За правду». 12 октября 2021 года избран председателем комитета Госдумы по финансовому рынку.
Является председателем совета Ассоциации банков России[1].
С марта 2024 года Аксаков принимал участие в работе над поправками в Налоговый кодекс, касавшимися введения прогрессивной шкалы налогообложения и поддерживал увеличение налоговой процентной ставки для состоятельных граждан[10].
С 23 февраля 2022 года Аксаков был включён в санкционный списокЕвропейского союза. С 24 февраля 2022 года находится под санкциями Канады, с 25 февраля 2022 года — под санкциями Швейцарии, с 26 февраля 2022 года — под санкциями Австралии, с 11 марта 2022 года — под санкциями Великобритании, с 18 марта 2022 года — под санкциями Новой Зеландии, с 24 марта 2022 года — под санкциями США, с 12 апреля 2022 — под санкциями Японии[11].
Орден Александра Невского (2020) — за большой вклад в развитие парламентаризма, активную законотворческую деятельность и многолетнюю добросовестную работу[13];
Медаль Святого мученика Авраамия Болгарского 3 степени (2016; Медаль Чебоксарско-Чувашской епархии РПЦ)[15].
Лауреат Всероссийской профессиональной премии финансистов «Репутация»[16] — за большой вклад в развитие финансового рынка Российской Федерации (2018)[17]
↑Организаторами Премии выступают Ассоциация "Сообщество профессионалов финансового рынка «САПФИР» и Международная Гильдия финансистов при поддержке Министерства финансов Российской Федерации и Банка России