SDF-1 (белок)

SDF-1 (англ. Stromal cell-derived factor-1), или CXCL12 (англ. chemokine (C-X-C motif) ligand 12) — хемокин подсемейства CXC, который у человека закодирован геном CXCL12. SDF-1 связывается с рецепторами CXCR4 и CXCR7 и играет важную роль в эмбриональном развитии и гематопоэзе[5]. SDF-1 выступает не только в роли хемоаттрактанта: в некоторых случаях он может стимулировать пролиферацию клеток и способствовать их выживанию[6].

Что важно знать
SDF-1 (белок)
Доступные структуры
PDBПоиск ортологов: PDBe RCSB
Список идентификаторов PDB

1A15, 1QG7, 1SDF, 1VMC, 2J7Z, 2K01, 2K03, 2K04, 2K05, 2KEC, 2KED, 2KEE, 2KOL, 2NWG, 2SDF, 3GV3, 3HP3, 4LMQ, 4UAI, 2N55

Идентификаторы
ПсевдонимыCXCL12, IRH, PBSF, SCYB12, SDF1, TLSF, TPAR1, C-X-C motif chemokine ligand 12
Внешние IDOMIM: 600835 MGI: 103556 HomoloGene: 128606 GeneCards: CXCL12
Расположение гена (человек)
Хр.10-я хромосома человека[1]
Локус10q11.21Начало44,370,165 bp[1]
Конец44,386,493 bp[1]
Расположение гена (Мышь)
Хр.6-я хромосома мыши[2]
Локус6 54.81 cM|6 F1Начало117,145,496 bp[2]
Конец117,158,328 bp[2]
Паттерн экспрессии РНК
Bgee
ЧеловекМышь (ортолог)
Наибольшая экспрессия в
Наибольшая экспрессия в
Дополнительные справочные данные
BioGPS
Дополнительные справочные данные
Генная онтология
Молекулярная функция
Компонент клетки
Биологический процесс
Источники: Amigo, QuickGO
Ортологи
ВидЧеловекМышь
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_199168
NM_000609
NM_001033886
NM_001178134
NM_001277990

NM_001012477
NM_013655
NM_021704

RefSeq (белок)

NP_000600
NP_001029058
NP_001171605
NP_001264919
NP_954637

NP_001012495
NP_038683
NP_068350

Локус (UCSC)Chr 10: 44.37 – 44.39 MbChr 6: 117.15 – 117.16 Mb
Поиск по PubMedИскать[3]Искать[4]
Смотреть (человек)Смотреть (мышь)

Структура гена и мРНК

Ген CXCL12 человека был впервые клонирован в 1995 году[7]. Ген располагается в длинном плече 10-й хромосомы , имеет размер более 88 000 пар нуклеотидов и содержит 5 экзонов[6].

Альтернативный сплайсинг приводит к синтезу мРНК, которые кодируют несколько изоформ SDF-1: SDF-1α (89 аминокислотных остатков), SDF-1β (93 а. о.), SDF-1γ (119 а. о.), SDF-1δ (140 а. о.), SDF-1ε (90 а. о.) и SDF-1φ (100 а. о.)[6]. Первые три экзона, входящие в состав всех вариантов мРНК одинаковы, поэтому N-концевые участки всех изоформ SDF-1 идентичны.

Распространение

SDF-1 синтезируется многими типами клеток. мРНК, кодирующие SDF-1α и SDF-1β, обнаруживают в сердце, почках, печени, лёгких, поджелудочной железе, плаценте, скелетных мышцах, селезёнке, лимфатических узлах, тимусе, миндалинах и костном мозге, но не в лейкоцитах периферической крови. Кроме того, в отличие от мРНК SDF-1β, мРНК SDF-1α присутствует в головном мозге. мРНК SDF-1α также синтезируется во многих эмбриональных тканях, мРНК SDF-1β встречается в чуть более узком наборе тканей эмбриона с преобладанием в селезёнке. мРНК SDF-1γ в небольших количествах присутствует во многих тканях взрослого организма с преобладанием в сердце. мРНК SDF-1δ, ε и φ детектируют в поджелудочной железе, сердце, печени, почках и некоторых других тканях взрослого организма. мРНК SDF-1δ синтезируется во многих органах эмбриона, в то время как мРНК SDF-1ε и φ присутствует только в почках[6].

Функции

SDF-1 выполняет множество функций как во взрослом организме, так и в ходе эмбрионального развития. В первую очередь, SDF-1 является хемоаттрактантом для клеток, которые имеют его рецепторы на мембране, например для B-лимфоцитов и гемопоэтических стволовых клеток. Клетки стромы костного мозга синтезируют SDF-1, который обеспечивает локализацию гемопоэтических клеток-предшественников в их клеточных нишах и не даёт им раньше времени покинуть костный мозг. В эмбриональном развитии SDF-1 управляет миграцией разных типов клеток и играет важную роль в формировании органов[8].

SDF-1 выступает как ростовой фактор для B-клеток и стимулирует их пролиферацию. Кроме того, SDF-1 может защищать злокачественные В-клетки от апоптоза при хроническом лимфоцитарном лейкозе[9].

Примечания