С 1858 года служил в русской церкви в Берлине; с 1859 года — вновь в Висбадене. В 1864 году был назначен законоучителем принцессы Дагмары (будущая императрица Мария Феодоровна), бывшей тогда невестой Наследника Великого князя Николая Александровича, пред переходом её в православие.
С 1883 года состоял духовником императорской семьи и заведующим придворным духовенством, протопресвитером Большой церкви Зимнего дворца и Благовещенского в Московском Кремле. Преподавал Цесаревичу Николаю Александровичуисторию Русской церкви и инославных исповеданий. В 1894 году, после дачи императором Александром III согласия на помолвку Цесаревича с принцессой Гессенской Алисой (впоследствии императрица Александра Феодоровна), был определён законоучителем последней для перехода в православие.
Кончина Александра III. О. Янышев изображен с кадилом
Представлял российский Синод в конференциях и конгрессах старокатоликов.
При его участии в Петербурге был устроен Дом призрения вдов, сирот и заштатных лиц придворного духовенства.
Известно критическое отношение к нему св. Иоанна Кронштадтского. В дневниках св. Иоанна выражена просьба к Богу «убрать» его: «7 октября. Господи, убери … J.Janitcheva и прочих неверных людей!…»[3].
Получил оценку современников как крупнейший из церковно-общественных деятелей рубежа XIX—XX веков, блестящий церковный оратор, выдающийся учёный богослов. Отличался независимостью, твёрдостью и прогрессивностью взглядов[4].
Был женат на Александре Евфимьевне (1832—1901), дочери священника церкви на Волковом кладбище, Евфимия Васильевича Флёрова; её сестра Анна Евфимьевна (1829—?) была женой известного священника Иосифа Васильева. У них было двое детей: Александра (1852—1910) (в замужестве Альбова[8]) и Леонид (1853—1905).
Могила Янышева на Волковском православном кладбище Санкт-Петербурга.
↑4 октября 1906 заведующим придворным духовенством был назначен Пётр Афанасьевич Благовещенский. — см. Шавельский Г. И. Русская Церковь пред революцией. — М.: Артос-Медиа, 2005. — С. 410.