Потерял своё состояние, устраивая на свои средства ботанический музей и сад и издавая «Annalen der Wiener Museum» и другие дорогие сочинения и т. д.; свой гербарий и библиотеку, оценённые в 24 000 талеров, подарил государству.
Было ли причиной его смерти самоубийство, с достоверностью неизвестно.
Эндлихер был выдающимся систематиком и создал одну из лучших для своего времени естественную систему растений («Genera plantarum secundum ordines naturalis disposita», Вена, 1836—1840; «Enchiridion botanicum», Лейпциг, 1841). Хотя его система, которая представляет собой усовершенствование естественных систем Жюссье и Декандоля и в которой были приняты во внимание анатомические признаки (строение стебля), в настоящее время и устарела, но его точные описания семейств и родов до сего времени имеют большое значение.
Кроме того, Эндлихер написал ценную китайскую грамматику: «Anfangsgrundzüge der chinesischen Grammatik» (Вена, 1845) (нем.) и другие сочинения по филологии и востоковедению, например:
«Atlas von China nach Aufnahme der Jesuitenmissionäre» (Вена, 1846) (нем.)
«Die Bruchstücke einer altdeutschen Uebersetzung des Matthäus Ewangelium» (1834) (нем.).
а также составил «Verzeichniss der japanesischen und chinesischen Münzen des kaiserlichen Münz- und Antikencabinets» — каталог японских и китайских монет императорского кабинета монет и антиков (1837) (нем.).