В 60-е годы, будучи начинающим журналистом, Хантер писал статьи для газет The Vancouver Sun и Winnipeg Tribune. Главными темами его публикаций были контркультура и защита окружающей среды.
Позднее Хантер вошёл в состав группы энтузиастов, которая 15 сентября1971 года прибыла на рыболовном судне «Greenpeace» на Алеутские острова с целью выразить протест против проводимых там американских ядерных испытаний. Этот день и считается датой основания «Гринпис».
Первым организацию возглавил Боб Хантер. Изначально главной задачей активистов, входивших в «Гринпис», была борьба против развития ядерной энергетики, однако позже они стали заниматься также защитой природы и выступать за сокращение потребления ископаемых энергоносителей.
Считается, что выступления и публикации Хантера впервые привлекли внимание международной общественности к проблеме истребления китов и тюленей, а также захоронения радиоактивных отходов в океане.
В 1998 у Боба Хантера диагностировали рак. В 2004 он начал проходить курс лечения, однако уже 2 мая2005 его жизнь оборвалась.
В заявлении, которое распространил «Гринпис» после смерти Хантера, говорилось: «Дух этого человека будет продолжать жить в людях, которых он вдохновил, китах, которых он спас, и организации, которую он создал».