До появления Обводного канала в XIX веке, левый берег Фонтанки относился к материку, а правый образовывали острова: Летний Сад, Спасский, Покровский, Коломенский и Галерный. Впоследствии Галерный остров был объединён с Коломенским, а левый берег стал частью Безымянного острова.
До 1712—1714 годов называлась Ериком или Безымянным Ериком и представляла собой болотную речку, образующую в своём течении острова и заводи. В переписной книге Водской пятины 1500 года фигурирует выразительный топоним река Голодуша. Затем именовалось Фонтанной рекой (речкой), с 1737 года получила современное название. На момент строительства первого моста через Безымянный Ерик ширина водной преграды составляла около 200 метров, но по мере освоения мелководий для строительства её ширина существенно уменьшилась[4]. В 1743—1752 годах она была расчищена и укреплена деревянной набережной. Современные очертания зеркало Фонтанки приобрело с тех пор, как в 1780—1789 годах её вторично расчистили и углубили, а берега одели в гранит[5].
У истока Безымяного Ерика стояли деревни Враловщина и Кандуя, на месте Александринского театра — деревня Усадица[3]. В низовье реки была небольшая ижорская деревня, известная с XVII века. На одних старинных картах написано Кальюла, на других — Каллина. В первые годы строительства Петербурга название деревни было переделано на русский лад и её стали именовать Калинкиной. Это название запечатлено во многих топонимах, в том числе в названии Старо-Калинкиного моста.
В XVII веке проток был мелководным, болотистым, местами значительно шире современной Фонтанки.
В 1780—1789 по проекту А. В. Квасова под руководством Ф. В. Бауэра началось сооружение гранитных набережных, спусков и подъездов к реке. Более 4000 человек были заняты в работе по проекту в 1787 году. Возможно, в это время случилась первая стачка — 400 «челобитчиков» отправились к Зимнему дворцу просить защиты от «произвола подрядчиков». Делегаты оказались под стражей[3]. Строительство завершают И. Борисов и К. Модерах[3]. К концу XVIII века русло реки было спрямлено.
С 1730-х годов[8] до середины XVIII века Фонтанка служила южной границей города. Берега застраивались усадьбами, первой из них стал Летний сад с Летним дворцом Петра I. Несмотря на то, что в 1760-е годы[8] городской чертой стал Обводный канал, Фонтанка осталась границей парадной застройки Петербурга.
↑Ресурсы поверхностных вод СССР: Гидрологическая изученность. Т. 2. Карелия и Северо-Запад / под ред. Е. Н. Таракановой. — Л.: Гидрометеоиздат, 1965. — 700 с.
↑ 1234П. Я. Канн. Прогулки по Петербургу (рус.). — Палитра, 1994. — С. 8—9.
↑Мосты и набережные Ленинграда / фот. В. П. Мельников, сост. П. П. Степнов. — Л.: Лениздат, 1991. — С. 10. — 319 с. — 22 000 экз. — ISBN 5-289-00690-7.
↑Нежиховский Р. А. Река Нева и Невская губа (рус.). — Ленинград: Гидрометеоиздат, 1981. — 112 с. — 50 000 экз.
Горбачевич К. С., Хабло Е. П. Почему так названы? О происхождении названий улиц, площадей, островов, рек и мостов Ленинграда. — 3-е изд., испр. и доп. — Л.: Лениздат, 1985. — С. 453. — 511 с.
Горбачевич К. С., Хабло Е. П. Почему так названы? О происхождении названий улиц, площадей, островов, рек и мостов Санкт-Петербурга. — 4-е изд., перераб. — СПб.: Норинт, 1996. — С. 318. — 359 с. — ISBN 5-7711-0002-1.
Городские имена сегодня и вчера: Петербургская топонимика / сост. С. В. Алексеева, А. Г. Владимирович, А. Д. Ерофеев и др. — 2-е изд., перераб. и доп. — СПб.: Лик, 1997. — С. 128, 170. — 288 с. — (Три века Северной Пальмиры). — ISBN 5-86038-023-2.