Началом села считается возведение в 1862 году Я. А. Немчиновым в устье реки Киран, где уже с 1825 года существовали дачи кяхтинских купцов, церкви Преображения Господня, к которой начали подселятся русские крестьяне и местные буряты[2]. Выросшее село стало называться Спас Преображенским. Яковом Андреевичем Немчиновым также была построена пристань на Чикое.
Осенью 1868 года в селе было открыто приходское училище, от которого берёт начало нынешняя средняя школа. Занятия проходили в доме священника Иннокентия Шастина. В первый год в училище обучалось 10 детей. Училище открылось и в первый год содержалось за счёт священника[3]. В 1870-е годы стала действовать мельница.
В 1930 году была организована сельхозартель имени Ворошилова, впоследствии колхоз. В селе Усть-Киран появляются пионерский лагерь, изба-читальня, народный дом, амбулатория. В 1937 году пришёл первый трактор. В 1939 году создан Усть-Киранский сельсовет. В ноябре 1939 года в селе открылся детский санаторий[4].
В мае 1940 года в Усть-Киран из Заиграевского района переведён детский дом с особым режимом. На 1 октября 1941 года в детском доме воспитывалось 34 мальчика[5].
В 1954 году колхоз имени Ворошилова объединился с хозяйствами соседних сёл Киран, Бурдуны, Мурочи, Хилгантуй и стал называться колхозом имени Ленина. В 1969 году Усть-Киранская восьмилетняя школа становится средней общеобразовательной.
Церковь Преображения Господня — освящена в 1862 году[8], закрыта в 1930-х годах и затем разобрана. В 2006 году установлена недалеко от кладбища на 500 метров юго-западнее от исторического места.
↑Устроение часовни в Троицкосавске // Иркутские епархиальные ведомости, № 9, 27 февраля 1865 года, стр.105
↑Архипастырьская благодарность // Иркутские епархиальные ведомости, № 50, 14 декабря 1868 года. стр.388
↑Детский лечебный дом //Бурят-Монгольская Правда. № 234 (6894) 11 октября 1939 года. стр.4.
↑Е. В. Банзаракцаева Детские дома Бурятии в годы Великой Отечественной войны // Вестник Бурятского Государственного Университета. Улан-Удэ. 2010 год. стр.17-21