Исток Сены находится в южной части плато Лангр в Бургундии. Далее река протекает в широкой долине по Парижскому бассейну; русло её здесь извилисто, особенно после Парижа[2].
Вблизи Гавра река впадает в бухту Сена пролива Ла-Манш (воронкообразный эстуарий длиной свыше 25 км и шириной 2—10 км). В устье реки построен Мост Нормандии, один из самых длинных подвесных мостов в мире.
Питание преимущественно дождевое, подъёмы уровня с ноября по март, летом — короткая межень. Средний расход воды в Париже около 250 м³/с, вблизи устья 450—500 м³/с. Влияние морских приливов распространяется на 35 км выше Руана (их амплитуда у Руана около 2 м, у Гавра — 7,5 м). Во время сильных паводков на Сене отмечаются наводнения (проведение гидротехнических работ на самой реке и её притоках уменьшило опасность наводнений для Парижа). Одно из крупнейших наводнений на реке случилось в 1910 году: Сена затопила Париж, причинив колоссальный экономический ущерб городу.
В своём течении Сена подразделяется на пять частей:
Малая Сена (начинается у истоков реки)
Высокая Сена (до Парижа)
проходной участок (в пределах французской столицы)
«Официальные истоки» Сены расположены в одноимённом департаменте на высоте 446 м над уровнем моря. Они находились в собственности города Парижа с 1864 года. В следующем году появился рукотворный грот, созданный для укрытия основного источника и статуи нимфы, символизирующей реку.
Сена судоходна от г. Труа; ниже впадения в неё бокового канала (для судов с осадкой до 1,3 м). В устье суда ходят по обводному Танкарвильскому каналу. Морские суда с осадкой до 6,5 м проходят до Руана; между Руаном и Парижем ходят речные суда с осадкой до 3,2 м.
К 60-м годам XX века уровень загрязнения воды в Сене достиг таких пределов, что река стала практически мёртвой. Однако в последующие годы ряд мер по предотвращению загрязнения Сены привёл к существенному улучшению экологии, о чём свидетельствует, в частности, возврат в Сену в 2009 году атлантического лосося[3].
По слова главы оргкомитета Игр Тони Эстанге, благодаря Олимпийским играм 2024 года в Париже Сена становится безопасной для людей. Летом 2023 года в связи с повышенным содержанием в воде «бактерий фекального происхождения» были отменены тестовые соревнования. После чего власти города продолжили работу по очистке реки и перестройке системы сброса сточных вод. По заверениям организаторов Игр, предпринятые меры позволят провести в Сене олимпийские соревнования по плаванию на открытой воде и триатлону. В качестве доказательства безопасности воды в Сене искупалась министр спорта, олимпийский и паралимпийский игр Амели Удеа-Кастера и мэр Парижа Анн Идальго[4].
26 июля 2024 года радиостанция France Info сообщила, ссылаясь на данные мэрии, что загрязненность воды в Сене 17 июля, когда в реке купалась мэр Парижа Анн Идальго, была выше пороговых значений. Купание в таком водоёме считается опасным и может привести к гастроэнтериту и кожным заболеваниям[5].
29 июля 2024 года организаторы отменили два тренировочных заплыва триатлонистов из-за загрязнения реки после дождей[6]. На случай, если вода в Сене в день соревнований окажется непригодной для плавания, их перенесут на позднее время. Если перенос окажется невозможным, то марафонский заплыв пройдёт на морском стадионе Вэр-сюр-Марн[7].
Название реки в античные времена звучало как Секвана (Sequana). Предположительно, кельтское слово Siquana происходит от праиндоевропейскогоsak- (священный).