В 2002 году увольняется с военной службы и переходит на должность председателя Комитета по управлению муниципальным имущественным комплексом, предприятиями и хозяйствующими субъектами администрации Краснознаменска Московской области, в котором проживает с 1999 года[5]. В 2005 году оканчивает Голицынский пограничный институт ФСБ России получив второе высшее юридическое образование и становится руководителем администрации городского округа Краснознаменск Московской области. В марте 2012 года защитил диссертацию на тему «Правовые основы становления и развития системы государственного управления финансами в Российской империи XIX века»[6]. В сентябре 2014 выигрывает выборы главы городского округа Краснознаменск Московской области с результатом 71,08 %[7]. Как позднее отмечала заместитель Председателя Правительства Московской областиЭльмира Хаймурзина, заслугой Сапунова на этом посту стало то, что 95 % жителей Краснознаменска положительно оценивали работу администрации и были удовлетворены положением дел в городе[8]. Положительную оценку деятельности Сапунова в Краснознаменске высказала и уполномоченный по правам ребёнка в Московской области Оксана Пушкина[9].
В ноябре 2015 после расстрела чиновников в администрации Красногорского района подаёт в отставку глава района Борис Рассказов. Губернатор Московской области Андрей Воробьёв предлагает Михаилу Сапунову принять участие в выборах нового главы. Как отмечает газета «Коммерсантъ», этот инцидент стал для областных властей удобным поводом, чтобы поменять Рассказова, до этого возглавлявшего район почти 20 лет[10]. 26 ноября Сапунов назначается врио главы Красногорского муниципального района, а в декабре того же года Советом депутатов избирается на пост главы района[11].
Основной задачей на посту Сапунов назвал ликвидацию городских и сельских поселений района и его преобразование в городской округ в рамках проводимой муниципальной реформы в Московской области, получившей неоднозначную оценку[12]. В начале 2017 года муниципальное образование Красногорский муниципальный район было преобразовано в муниципальное образование городской округ Красногорск с ликвидацией всех входивших в него поселений[13], административно-территориальная единица Красногорский район была преобразована в город областного подчинения Красногорск с административной территорией[14][15].
В марте 2016 года было начато строительство транспортной развязки Волоколамского и Ильинского шоссе[16]. Очередь в детcкие сады, достигшая в 2013 году цифры в 9 тысяч человек начала уменьшаться с вводом новых дошкольных учреждений[17][18].
В то же время местный клуб по хоккею с мячом «Зоркий» (Чемпион и многократный призёр Чемпионатов России) столкнулся с финансовыми трудностями и был вынужден покинуть высший диизион[19].
В начале 2017 года в СМИ стала появляться информация о замене Сапунова на посту главы Красногорска заместителем начальника Управления администрации Президента России по внутренней политике Радием Хабировым[20]. Различные издания отмечали что данное назначение было более необходимо губернатору Воробьёву, так как позволяло усилить команду опытным чиновником федерального уровня[21]
, и Хабирову для наработки его управленческого опыта[22][23]. Сапунов же, в свою очередь, в основном справился со своей работой по преобразованию района в округ, так как «неожиданностей и скандалов в ходе проведения общественных слушаний не было»[24].
В марте 2017 года возвращается в Министерство обороны, но уже в статусе гражданского служащего на должность заместителя директора Департамента имущественных отношений. После перехода Дмитрия Куракина в Ростелеком исполнял обязанности директора Департамента до 1 сентября 2017 года, когда приказом Министра обороны Российской Федерации был назначен новым директором Департамента имущественных отношений Минобороны России.