Вернувшись в Россию (1892), читал лекции по ботанике в университетах Москвы и Петербурга. Работал на кафедре ботаники Московского университета (приват-доцент с 1894).
В 1914 году создал фитопатологическую станцию при Московском сельскохозяйственном институте[3][4].
Был председателем Императорского российского общества садоводов. Автор более 70 научных работ и учебных руководств. Большой популярностью пользовался составленный им карманный определитель растений для экскурсий в окрестностях Москвы.
Материалы к изучению группы ужовниковых папоротников (ophioglosseae). — М.: Унив. тип., 1892
Болезни растения. — М.: т-во скоропечатни А.А. Левинсон, 1893; М.: Изд. К. И. Тихомиров, 1896
Способ приготовления скелетов растений искусственной мацерацией (едким кали). — СПб.: тип. В. Демакова, 1895
Как составлять гербарий? Краткое руководство… — М.: Моск. с.-х. ин-т, 1896; 1900; 1908; 1911; 1915
Пособие к определению паразитических грибов по растениям-хозяевам. — М.: Моск. с.-х. ин-т, 1896; 1908
Патология растений : Лекции проф. С.И. Ростовцева. — М.: типо-лит. В.Р. Келлера, 1897; М.: типо-лит. т-ва И. Н. Кушнерев и К°, 1899
Лекции по ботанике, читанные профессором С.И. Ростовцевым. — М.: лит. Об-ва распространения полезн. книг, 1898
Пособие к определению цветковых растений. — М., 1902; 1904
Определитель растений для школ и самообразования. — М.: типо-лит. В. Рихтер, 1903; 1909; 1916
Гниение полов, стен, балок и пр. в жилых помещениях и меры борьбы с ним. — М.: Моск. губ. земство, 1905
Фитопатология: Болезни и повреждения растений. Руководство к их распознаванию и лечению. — М.: тип. Моск. ун-та, 1908
Морфология и систематика низших растений: водорослей, грибов и лишайников : Руководство для высших школ и самообразования (с 246 рисунками в тексте). — М., 1911; 1913
Систематика растений: Конспект лекций. — М.: типо-лит. В. Рихтер, 1911
Морфология и систематика печеночников и мхов. — М.: Типо-лит. т-ва И.Н. Кушнерев и К°, 1913
Начальный курс практических занятий по анатомии растений для школ и самообразования. — М.: типо-лит. В. Рихтер, 1914
Руководство к употреблению микротома. — М.: Типо-лит. В.Ф. Рихтер, 1915
Конспект лекций по общей ботанике. — М.: типо-лит. т-ва И.Н. Кушнерев и К°, 1916
Об алейроновых зернах. — М.: т-во И.Н. Кушнерев и К°, 1916
«Die Entwickelung der Blüthe und des Blüthenstandes bei einigen Arten der Gruppe Ambrosieae und die Stellung der letzteren im System» (с 7 табл.),
«Umbildung von Wurzeln in Sprösse» (с 1 табл.),
«Recherches sur l’Ophioglossum vulgatum» (с 1 табл.),
«Die Entwickelungsgeschichte und die Keimung der Adventivknospen bei Cystopteris bulbifera» (с 1 таблицей).
Перевёл, совместно с M. И. Голенкиным, с датского «Систематику растений» Варминга, «Основы ботаники» Ван-Тигема с французского («Морфология, анатомия и физиология растений»).
↑«Систематика растений» И. Е. Варминга (1893) — с датского, «Общая ботаника: морфология, анатомия и физиология растений» Ф. Э. Ван-Тигема (1901) — с французского.
150-летие со дня рождения Ростовцева Семёна Ивановича : [арх. 15 июля 2013]. — Отдел по делам архивов Управления записи актов гражданского состояния и архивов Липецкой области, 2011. — 5 июня.
Волков, В. А. Российская профессура XVIII — начала XX в. : Биографический словарь : в 3 т. / В. А. Волков, М. В. Куликова. — СПб. : Изд-во Русского Христианского гуманитарного института ; М. : URSS, 2003. — Т. 1 : Биологические и медико-биологические науки. — 544 с. — 2000 экз. — ISBN 5-88812-182-7 (т. 1).
Вдовина Л. Н.. Ростовцев Семён Иванович // Императорский Московский университет : 1755—1917 / Сост. А. Ю. Андреев, Д. А. Цыганков. — М. : Российская политическая энциклопедия (РОССПЭН), 2010. — С. 625. — ISBN 978-5-8243-1429-8.