Во второй половине 1990-х годов выпустило несколько научных комментированных публикаций сочинений античных и средневековых авторов в серии «Классики античности и средневековья»: Геродиана, Юстина, Аврелия Виктора, Эйнхарда, Рихера Реймского и др. В начале 2000-х годов опубликовало несколько изданий в серии «Русская историческая библиотека»: Григория Котошихина, Николая Мархоцкого и др.
В конце 2000-х годов издательство РОССПЭН совместно с Фондом первого президента России Б. Н. Ельцина выпустило стотомную серию «История сталинизма», в которую вошли работы как российских, так и зарубежных учёных. Этот проект стал номинантом премии Международной ассоциации книгоиздателей[2]. Другой крупный проект РОССПЭНа — «Библиотека отечественной общественной мысли с древнейших времен до начала XX века» в 119 томах — в 2010 году удостоился награды общероссийского конкурса «Книга года»[3]. Издательство имеет несколько наград ЮНЕСКО[1].