Имея репутацию одного из самых быстрорастущих командиров Сухопутных войск России, Попов на учениях был отмечен командованием. В сентябре 2017 года ушёл из бригады на повышение; ходили слухи, что он станет заместителем командующего 49-й общевойсковой армией[5]. В 2018 году был начальником штаба 22-го армейского корпуса в Крыму[6][7].
В июле 2023 года Иван Попов в аудиообращении к своим подчинённым и военным заявил о «сложной ситуации со старшим начальством», «обозначил все проблемные вопросы», которые существовали в армии. Обращение публиковал депутат Госдумы, бывший командующий 58-й армией Андрей Гурулёв[9].
В мае 2024 года арестован по делу о мошенничестве в особо крупном размере[9].
24 мая 2024 года военные следователи предъявили обвинение Попову в мошенничестве[11]. И следствие, и защита просили суд пересмотреть меру пресечения и назначить ему домашний арест[12]. Однако Иван Попов не был доставлен на заседание. В итоге, судья огласил решение:
Попов и его защитник отсутствуют на заседании, судом была получена телефонограмма, согласно которой на 14.00 назначено рассмотрение апелляционной жалобы на избрание меры пресечения в виде заключения под стражу во 2-м Западном окружном военном суде, в связи с чем заседание откладывается на 27 мая[13].
27 мая 2024 года военное следствие ходатайствовало о переводе Попова под домашний арест, но 235-й гарнизонный суд отклонил прошение[14].
7 июня 2024 года западный окружной военной суд вновь оставил Попова в СИЗО, не отпустив его под домашний арест[15].
4 июля 2024 года стало известно, что Ивану Попову добавили в окончательном обвинении статью в служебном подлоге (ч. 2 ст 292 УК)[16]. В это же день адвокат Ивана Попова попросил Следственный комитет возбудить дело о госизмене в отношении неизвестных лиц. Украинские власти объявили Попова в международный розыск, обвинили в «ведении агрессивных военных действий». Адвокат считает, что в открытый доступ «как-то попали секретные документы»[17].
15 июля 2024 года 235-й гарнизонный военный суд отпустил Попова под домашний арест[18] до 11 октября[19].
24 июля 2024 года глава Следственного комитета РФ Александр Бастрыкин сообщил, что следственные действия по делу Попова завершены, фигурантам дела вменяется хищение в 2023 году изделий металлопроката на общую сумму более 114 млн рублей, закупленных военно-гражданской администрацией Запорожской области в порядке предоставления гуманитарной помощи для нужд армии[20].
7 августа 2024 года Второй Западный окружной военный суд не стал менять решение по домашнему аресту Ивана Попова. Ранее защита сообщала, что согласна с тем, чтобы генерала перевели под домашний арест, но не была довольна сроками[21].
20 августа 2024 года почерковедческая экспертиза по уголовному делу Ивана Попова, установила, что подпись в документах ему не принадлежит. Адвокат считает, что экспертиза опровергает виновность Попова[22].
23 сентября 2024 года Главная военная прокуратура утвердила обвинительное заключение по делу Попова. Адвокат обвиняемого сообщил, что оно будет направлено в Тамбовский гарнизонный суд для его рассмотрения по существу[23].
Предварительные слушания по делу Иванова назначены Тамбовским гарнизонным военным судом на 9 октября 2024 года[24].