15 января 1989 на 6-м курсе института архиепископом Смоленским и Калининградским Кириллом рукоположён в сан иеродиакона[1].
В 1989 году окончил Ленинградский педиатрический медицинский институт со специальностью врача-педиатра[1].
6 августа 1989 года архиепископом Смоленским и Калининградским Кириллом рукоположён в сан иеромонаха и назначен штатным священником Никольского собора Калининграда[1].
24 сентября 2003 года в здании Генерального консульства РФ в Нью-Йорке состоялась его рабочая встреча с президентом России Владимиром Путиным[4].
7 июня 2007 года на заседании учёного совета Санкт-Петербургской духовной академии удостоен степени кандидата богословия за работу «Труды блаженного Августина, епископа Иппонийского, как литургический источник»[5].
31 марта 2009 года освобождён от обязанностей управляющего Патриаршими приходами в США и назначен председателем Синодального отдела религиозного образования и катехизации[6]. 7 апреля того же года совершил свою первую Божественную литургию в храме преподобного Сергия Радонежского Высоко-Петровского монастыря, где располагался данный синодальный отдел, таким образом вступив в должность главы отдела[7].
В апреле 2009 года назначен настоятелем подворья патриарха Московского и всея Руси храмов Высоко-Петровского монастыря[8].
10 октября того же года Священный синод, заслушав прошение епископа Меркурия, благословил «открытие Высоко-Петровского мужского монастыря (г. Москва) для возобновления в нём монашеской жизни» и назначил епископа Меркурия наместником данного монастыря[10].
27 июля 2011 года назначен епископом Ростовским и Новочеркасским с временным сохранением должности председателя Синодального отдела религиозного образования и катехизации[12].
16 апреля 2016 года решением Священного синода включён в состав делегации Русской православной церкви для участия во Всеправославном соборе[20].
1 февраля 2017 года решением Священного синода включён в состав созданного тогда же организационного комитета по реализации программы общецерковных мероприятий к 100-летию начала эпохи гонений на Русскую православную церковь[21].
18 октября 2019 года был представлен коллективу ООО «ХПП „Софрино“ РПЦ» как и. о. гендиректора. 25 августа 2020 года решением Священного синода освобождён от должности председателя Синодального отдела религиозного образования и катехизации и назначен на должность генерального директора художественно-производственного предприятия «Софрино»[22]. 17 июня 2021 года освобождён от должности генерального директора художественно-производственного предприятия «Софрино»[23].
Орден «За заслуги перед Отечеством» III степени (3 апреля 2024 года) — за большой вклад в развитие духовных и культурных связей, активную просветительскую деятельность[28]
Благодарность Президента Российской Федерации (25 мая2015 года) — за вклад в социально-экономическое развитие Российской Федерации, достигнутые трудовые успехи, активную общественную деятельность и многолетнюю добросовестную работу[31]
Почётный доктор Донского государственного технического университета (1 июля2013 года)[32]
Речь архимандрита Меркурия (Иванова) при наречении во епископа Зарайского. М., 2000. — № 3. — С. 23-30.
«Труды блаж. Августина, епископа Иппонийского, как литургический источник». Санкт-Петербургская Духовная академия, кафедра Церковно-практических дисциплин, 2007 год (Кандидатская диссертация)[34]
«Дыхание любви» (воспоминания об отце Иоанне (Крестьянкине)) // Журнал «Православная беседа». М., 2010. — № 4. — С. 36-38.
«Нужно научить человека думать» // Журнал «Православное образование». М., лето 2011. С. 10-19.
«Основы православной культуры» // Научно-теоретический журнал Российской академии образования «Педагогика». № 1, 2011. С. 34-40 (в соавторстве с Т. П. Довгий).
Жизнь среди святых: О митрополит Псковском и Порховском Иоанне (Разумове). — ПЦ «Петровский», 2014. — 300 с. — ISBN 978-5-9905200-3-5.
Предисловие // Оглашение на современном этапе: методическое пособие. — М. : Синодальный отдел религиозного образования и катехизации Русской Православной Церкви, 2015. — 56 с.
Простые истории. — Москва: ЭйПиСиПаблишинг, 2019. — 422 с. — 1000 экз. — ISBN 978-5-6042131-2-4.
интервью
«В перспективе мы хотим создать систему непрерывного православного образования — от детского сада до вуза» // Интервью ИА «Интерфакс», 23.07.2009.
«Религия в школе: как объединить неравнодушных». Интервью интернет-порталу «Татьянин день», 07.08.2009.
«Идите и говорите людям от сердца». Интервью газете «Церковный вестник», 22.08.2009.
«Думать надо об одном: что нам делать сегодня, чтобы будущие поколения жителей России сберегли нашу страну как великое достояние наших предков. А как воспитать, например, чувство любви к Родине? На лучших примерах истории прошлого, которая неразрывно связана с Православием, его значением для сохранения государственности, отражения многочисленных нападений иноземных захватчиков, отстаивания отечественной веры как стержня национальной культуры». Интервью журналу «Регион-Центр», № VII—IX (58) 2009 г. С. 16-23.
«Историческая память поможет нам сохранить единство». Интервью журналу «Российская Федерация сегодня», № 20, октябрь 2009. — С. 46.
«Только с верой жизнь обретает смысл» // Православная беседа: журнал. М., 2010. — № 1. — С. 18-25.
«Обращаясь к сердцу ребёнка» // Интервью журналу «Фома». М., 2010. — № 2 (82) февраль. — С. 61-66.
«Мы делаем общее дело». Интервью епископа Зарайского Меркурия и директора Государственного литературного музея М. С. Гомозковой информационному порталу Отдела религиозного образования и катехизации 3 марта 2010 г.
«Нам очень дорог Форт Росс». Интервью агентству религиозной информации «Благовест-инфо», 21.10.2009.
«Монастырь — остров спасения». Интервью интернет-порталу «Татьянин день», 23.10.2009.
«РПЦ взаимодействует с Минобрнауки от имени традиционных объединений РФ» // Интервью газете «НГ-Религии», 5.05.2011.
Интервью «Ростовскому агентству новостей», 22.08.2011.
«Нужно научить человека думать» // Интервью информационному агентству «Православное образование» для рубрики «Откровенный разговор», 7.07.2011.
«Об итогах апробации ОПК в рамках курса ОРКСЭ» // Интервью радиостанции «Благовест» Йошкар-Олинской епархии, 19.09.2011.
Интервью «Радио София» в прямом эфире, 4.01.2012.
«Церковь отстаивает позицию равенства прав образовательных организаций» // Интервью информационному агентству «Православное образование», 10.02.2012.
«Страна расплачивается за 1990-е» // Статья в газете «Культура», № 5 (7804) от 17.02.2012.
«О новом формате Чтений» // Интервью журналу «Православное образование», зима 2012 г.
Пресс-конференция для журналистов СМИ Южного региона, 01.03.2012.
«Не надо ничего изобретать» // Интервью «Российской газете», 28.03.12.
«Религиозные организации должны иметь право на экспертизу учебников и аккредитацию учителей по религиозным культурам» // Интервью для «Интерфакс-религия», 04.04.2012.
«Деловой завтрак» в редакции «Российской газеты», 16.04.2012.
Ответы на вопросы посетителей сайта Синодального информационного отдела в рамках онлайн-проекта «Актуальное интервью», 10.07.2012.
«За 30 учебных часов изучить основы религиозной культуры невозможно» // Интервью «Российской газете» (федеральный выпуск № 5840 (167) от 24.07.2012).
«Введение курса ОРКСЭ — вопрос национальной безопасности» // Интервью газете «Культура», 31.08.2012.
«О состоянии системы грантовой поддержки образовательных проектов в России» // Интервью для электронного информационного дайджеста (№ 4) Исполнительной дирекции Координационного комитета по поощрению социальных, образовательных, информационных, культурных и иных инициатив под эгидой Русской Православной Церкви, «Образование и воспитание», 20.09.2012.
«Православная культура в школе — пока только в 4 классе» // Интервью журналу «Православное образование», осень 2012 г.
«О принятых Священным Синодом документах по деятельности воскресных школ» // Интервью для сайта «Илиинский приход», 28.12.2012.
«Самое важное — мир сердечный»: интервью журналу «Вестник Донской митрополии». — № 3, январь 2013 г.
«Святому человеку свойственно глубочайшее ощущение своей греховности и несовершенства» // Интервью журналу «Нация», 12.02.13.
«В Рай палками не загнать»: интервью газете Культура", № 2, 18 — 24 января 2013 г.
Интервью в рамках пресс-конференции в ИТАР-ТАСС в преддверии XXI Международных Рождественских образовательных чтений, 22.01.2013;
«Встретить в своей жизни Воскресшего Господа»: Пасхальное интервью журналу «Вестник Донской митрополии». — № 4, май 2013;
«Восстанавливая преемственность»: интервью по случаю 1025-летия Крещения Руси журналу «Вестник Донской митрополии». — № 5, август 2013 г.
«Нужны энтузиасты с профессиональным образованием»: интервью порталу «Приходы», 08.10.2013;
«Ввести человека в храм»: интервью газете «Добрые люди», № 6 (11) (30.11.2013);
«Каждая Литургия — это невыразимый прилив сил и духовной радости» // портал «Дон православный» 10.11.2013;
«Духовные цели выше инстинктов»: интервью журналу «Вестник Донской митрополии». — № 6, ноябрь 2013 г.
«ЗДЕСЬ ЖИЗНЬ ДОЛЖНА БУРЛИТЬ»: интервью митрополита Ростовского и Новочеркасского Журналу «Семинарист» 2014 г.
«Учусь принимать все, что посылает мне Господь»: интервью журналу «Вестник Донской митрополии». — № 7, февраль 2014 г.
«Свободный выбор изучения религиозной культуры в школе не может быть поставлен под сомнение»: интервью порталу «Православное образование» 2014 г.
«Прикосновение к подвигу и чуду»: интервью порталу «Православное образование» 2014 г.
Наречение и хиротония архимандрита Меркурия (Иванова) во епископа Зарайского, викария Московской епархии // Журнал Московской Патриархии. М., 2000. — № 3. — С. 23-30.