С 3 апреля 1900 года — штаб-офицер для особых поручений при главнокомандующем войсками Гвардии и Петербургского военного округа. Цензовое командование батальоном отбывал в лейб-гвардии Егерском полку.
В 1902 году — секретарь Комитета по восстановлению памятников Севастопольской обороны. Готовил к изданию мемуары ветерана Крымской войны генерал-лейтенанта П. К. Менькова.
Одновременно в августе — октябре 1916 года командовал русско-румынской Добруджанской армией, составленной из его 47-го корпуса и остатков разбитой 3-й румынской армии.[2]
Генерал от инфантерии (10 апреля 1916 года; старшинство с 10 июня 1915 года).
После Февральской революции 2 апреля 1917 года переведён в резерв чинов при штабе Петроградского военного округа, а 7 мая уволен от службы с мундиром и пенсией.
В 1918 году добровольно вступил в РККА[3], состоял старшим делопроизводителем Отчётно-организационного отдела Организационного управления Всероглавштаба, начальник штаба 13-й армии (1919), состоял в распоряжении и для особых поручений при начальнике Полевого штаба РККА, член Особого совещания при Главкоме. Известно, что в 1918 году один или два раза был арестован по подозрению в контрреволюционной деятельности, но после кратковременного заключения был отпущен.
19 октября 1920 года был арестован чекистами в своей квартире в Москве. После двух допросов в первые дни после ареста его более не допрашивали. Обвинялся в участии в антисоветской подпольной организации и в переброске бывших офицеров к Деникину в 1919 году. В тюрьме тяжело заболел. В декабре 1921 года освобождён.[4]
По данным, приводимым Сувенировым О.Ф. в монографии «1937. Трагедия Красной Армии», с 1921 года был секретным сотрудникомВЧК—ОГПУ. По мнению А. В. Ганина, именно согласие на вербовку и стало причиной освобождения Зайончковского из тюрьмы. Сувениров указывает, что в основе дела «Весна» 1930—1931 годов лежали оперативные материалы, ранее полученные от Зайончковского, а также его дочери, Зайончковской—Поповой О. А.
Наступательный бой по опыту действий генерала Скобелева в сражениях под Ловчей, Плевной (27 и 30 августа) и Шейново: Исслед. Ген. штаба кап. А. Заиончковского. — Санкт-Петербург: тип. С. Корнатовского, 1893. — 230, [3] с., 5 л. схем.
Самостоятельность частных начальников: Увлечения и границы / Ген. штаба кап. А. Заиончковский. — Санкт-Петербург: В. Березовский, 1894. — [2], IV, 7—91 с.
Сражение под Ловчей 22 августа 1877 года / Сост. Ген. штаба кап. А. Заиончковский. — Санкт-Петербург: В. Березовский, 1895. — 80 с., [3] л. карт., схем., план.
Оборона Севастополя: Подвиги защитников: Краткий исторический очерк с иллюстрациями / Сост. полковник Зайончковский. — СПб.: Комитет по восстановлению памятников Севастопольской обороны, 1904. — 78 с., 1 л. карт : ил.
Исторический путеводитель по Севастополю: составлен к 50-летию его обороны / под ред. А. М. Зайончковского. — Санкт-Петербург: [Тип. Гл. Упр. Уделов], 1907. — 295 c., [7] л. карт.
Подготовка России к мировой войне в международном отношении / А. Зайончковский; Штаб РККА, Упр. по исслед. и использованию опыта войн; Предисл. и под ред. М. П. Павловича. — [Л.]: Ленинград: Воен. тип. Упр. делами Наркомвоенмор и РВС СССР, 1926. — 398 с. Так же доступна на сайте НЭБ.
Исторический путеводитель по Севастополю: составлен к 50-летию его обороны / под ред. А. М. Зайончковского. — Санкт-Петербург: [Тип. Гл. Упр. Уделов], 1907. — 295 c., [7] л. карт.
Первая мировая война. Полигон, 2000 г. — ISBN 5-89173-082-0, ISBN 5-89173-174-6
Восточная война. 1853—1856. В двух томах, в трёх книгах. Полигон, 2002 г. — ISBN 5-89173-159-2 (Том I — ISBN 5-89173-156-8; Том II, часть первая — ISBN 5-89173-157-6; Том II, часть вторая — ISBN 5-89173-158-4)
↑Э. Э. Исмаилов. Золотое оружие с надписью «За храбрость». Списки кавалеров 1788—1913. — Москва, 2007, с. 364
↑Прямицын В. Н., Чертов В. В. «На нас ложится обязанность сохранить Румынию». Русские армия и флот в румынской кампании 1916—1917 гг. // Военно-исторический журнал. — 2018. — № 12. — С.4—12.
↑Ганин А. В. Аресты членов Особого совещания при Главнокомандующем в документах Московского политического Красного Креста. // Военно-исторический журнал. — 2018. — № 3. — С.64—71.
↑Исмаилов Эльдар Эльхан оглы. Золотое оружие с надписью «За храбрость». Списки кавалеров. 1788—1913. — М.: Старая Басманная, 2007. — С. 529. — 544 с. — ISBN 978-5-903473-05-2.