Герштейн, Марк

Окончив Гарвардский колледж с отличием и получив степень бакалавра по физике в 1989 году, Герштейн защитил диссертацию по конформационным изменениям белков под руководством Рут Линден-Белл^[3] в Кембриджском университете и Сайруса Чотиа в Лаборатории молекулярной биологии в 1993 году^[4]. Затем он продолжил исследования в области биоинформатики в постдокторантуре Стэнфордского университета с 1993 по 1996 годы под руководством нобелевского лауреата Майкла Левитта.

Герштейн занимается исследованиями в области биоинформатики^[5][6][7]. Это предполагает применение вычислительных подходов к решению проблем молекулярной биологии, в том числе поиск данных и машинное обучение, молекулярное моделирование и создание баз данных. Его исследовательская группа работает по нескольким направлениям, включая аннотирование генома человека^[8], персональную геномику, геномику рака, создание инструментов для поддержки геномных технологий (таких как секвенирование следующего поколения), анализ молекулярных сетей и моделирование макромолекулярных движений. Среди известных баз данных и инструментов, разработанных группой, — база данных макромолекулярных движений, которая классифицирует конформационные изменения макромолекул; а также tYNA,^[9] которая помогает анализировать молекулярные сети; PubNet,^[10] которая анализирует сети публикаций; PeakSeq,^[11] которая определяет регионы в геноме, связанные определенными транскрипционными факторами; and CNVnator,^[12] которая классифицирует варианты блоков в геноме. Герштейн много писал о том, как общие вопросы науки о данных влияют на геномику — в частности, в отношении конфиденциальности^[13] и структурирования научной коммуникации^[14].

Работы Герштейна публиковались в рецензируемых научных журналах^[15][16][17] и в ненаучных изданиях, и на популярных форумах^[18]. Его работы высоко цитируются, их H превышает 100^[5]. Он входит в состав ряда редакционных и консультативных советов, в том числе PLoS Computational Biology (PLoS по вычислительной биологии), Genome Research, Genome Biology, and Molecular Systems Biology. Его цитируют в газете New York Times,^[19][20][21] в том числе на первой полосе,^[8] и в других крупных изданиях^[22].

Помимо премии Фонда В. М. Кека для выдающихся молодых ученых^[23], Герштейн получил награды от ВМС США, компании IBM, Американского общества фармацевтических исследований и производителей, а также Фонда Донахью (Donaghue Foundation).^[24] Он член AAAS (American Association for the Advancement of Science).Среди других наград — стипендия Гершеля-Смита, поддерживающая его докторскую работу в Эммануэль-колледже в Кембридже, и постдокторская стипендия Фонда исследования рака имени Деймона Раньона. Он участвует в работе нескольких научных консорциумов, включая ENCODE^[25], modENCODE^[26][27][28], 1000 Genomes Project, Brainspan^[29] и DOE Kbase. В 2015 году он стал членом Международного общества вычислительной биологии (International Society for Computational Biology) ^[30].