Ещё до провозглашения Генриха Наваррского королём Франции от основного древа рода Бурбонов отделились принцы Конде и несколько иных ветвей, из которых только ветвь графов де Бурбонов-Бюссе (внебрачная по своему происхождению) продолжает существовать и сегодня.
Испанские ветви. В 1700 году внук Людовика XIV герцог Анжуйский получил испанский престол и стал королём Филиппом V. После ряда низложений и реставраций Бурбоны царствуют в Испании и ныне (в лице Филиппа VI, сына отрёкшегося от престола в 2014 году Хуана Карлоса I). Согласно Утрехтскому договору 1713 года, потомки Филиппа V отказались от прав на французский престол, хотя французские роялисты-легитимисты в XIX веке считали законными наследниками именно испанских Бурбонов как старших в династии.
Карлистская ветвь. Потомки дона Карлоса Старшего (1788—1855) — младшего брата короля Фердинанда (Фернандо) VII, который лишил его права наследования престола в пользу своей дочери Изабеллы, чем нарушил салический закон, принятый в доме Бурбонов. Войны сторонников Карлоса и его потомков против Изабеллы и её наследников получили название «карлистских». Карлисты потерпели поражение, а сама ветвь пресеклась в 1936 году.
Ветвь Изабеллы. Потомки Изабеллы II и её двоюродного брата Франсиско Асисского (также члена дома Бурбонов, сына младшего брата дона Карлоса Старшего), которые правили страной до 1931 года и с 1975 года. Ветвь имеет трёх современных представителей мужского пола — Луиса Альфонсо (род. 1974), потомка старшего брата отца Хуана Карлоса I — глухонемого дона Хайме, герцога Сеговии, (Кадисская ветвь) династически старшего во всей династии Бурбонов, они претендуют на главенство в роде Бурбонов, а также на французский престол; Хуана Карлоса I (отрёкся от престола в 2014 году) и его сына Филиппа VI. Согласно нынешнему испанскому законодательству, наследовать престол могут только потомки правящего короля, включая женщин.
Севильская ветвь. Морганатическая ветвь потомков брата Франсиско, принца Энрике. Существует до сих пор (16 представителей).
Сицилийская ветвь. Потомки сына короля Карла III, Фердинанда (Фернандо) (1751—1825), ставшего королём Сицилии. Правили в Сицилии и Неаполе. Ветвь существует и сейчас, насчитывает 17 представителей.
Пармская ветвь. Потомки Фелипе (1720—1765), одного из младших сыновей Филиппа V, ставшего герцогом Пармским. Многочисленные представители (потомки 24 детей герцога Роберта I Пармского) живут и сейчас.
Орлеанская династия — ветвь французских Бурбонов, происходящая от Филиппа Орлеанского, младшего брата Людовика XIV. Её представителем на французском престоле был Луи-Филипп I. После 1883 года, когда пресеклась старшая линия династии Бурбонов, глава Орлеанского дома считает себя главой королевского дома Франции; эта претензия оспаривалась представителями испанских линий (которые династически старше). Нынешний «номинальный король Франции» из Орлеанского дома — Иоанн IV (род. 1965).
Ветвь Орлеан-Браганса. Потомки внука Луи-Филиппа I Гастона (1842—1922), династия потомков бразильских императоров (также Капетингов).
Ветвь Орлеан-Галлиера. Потомки младшего сына Луи-Филиппа I Антуана (1814—1896), женившегося на испанской принцессе. Имеет шестерых ныне живущих представителей.