Биокурация
Биокурация (англ. biocuration) — это область наук о жизни, которая организует биологические данные, информацию и знания в структурированные форматы, такие как электронные таблицы и графики[1][2]. Систематизация биомедицинских знаний — совместная работа биокураторов, разработчиков программного обеспечения и биоинформатиков и лежит в основе работы биологических баз данных[1].
Общие сведения
| Наука | |
| Биокрурация | |
|---|---|
| (англ. biocuration) | |
| Предмет изучения | Биологические данные, информация и знания, которые преобразуются в электронные таблицы и графики. |
| Период зарождения | 2006 год |
Новая профессия
Биокуратор — это учёный, который курирует, собирает, аннотирует и проверяет информацию в базах данных[3][4]. Эта профессия впервые была упомянута в научной литературе в 2006 году[5][6]. Биокураторы обычно имеют докторскую степень, опыт работы в лабораториях и владеют необходимыми компьютерными программами[7].
Роль биокуратора включает контроль качества первичных данных биологических исследований, предназначенных для публикации, извлечение и систематизацию информации из научной литературы, а также описание данных с помощью стандартных протоколов аннотаций и словарей, которые обеспечивают запросы и совместимость биологических баз данных. Биокураторы находятся в постоянном контакте с исследователями, чтобы гарантировать точность информации и способствовать обмену данными с исследовательскими лабораториями[6].
Биокураторы нужны в различных исследовательских сферах. Такие проекты как ELIXIR (Европейская инфраструктура наук о жизни для биологической информации) и GOBLET (Глобальная организация по биоинформатическому обучению, образованию и обучению)[8] продвигают обучение и поддерживают биокурирование как карьерный путь[9].
В 2011 году биокурирование уже было признано профессией, но официальных курсов по целевой подготовке кураторов для работы с биологическими данными ещё не существовало[10]. С развитием этой области Кембриджский университет и Европейский институт биоинформатики (EMBL-EBI) начали совместно предлагать сертификат последипломного образования по биокурированию[11]. Это стало шагом к признанию биокурации как отдельной дисциплины[12]. С 2011 года профессия стала востребована, в связи с чем появилось обучение биокурированию в рамках последипломных программ[13].
Организации, нанимающие биокураторов, такие как Clinical Genome Resource (ClinGen), часто предоставляют специализированные материалы и проводят обучение биокурированию[14].
Биологические базы знаний
Биокураторы чаще всего работают в области биологических баз знаний. Такие базы данных, как UniProt[15] и PDB [16] для организации информации привлекают профессиональных биокураторов. Также биокураторы работают над улучшением качества данных, например, путём объединения повторяющихся записей[17].
Важная часть этих баз знаний — информация о модельных организмах. Примеры таких баз данных — FlyBase[18], PomBase[19] и ZFIN[20]. Они предназначены для хранения информации, например, о дрозофиле фруктовой (Drosophila), дрожжах (Schizosaccharomyces pombe) и рыбах данио-рерио (zebrafish).
Международное общество биокурации (ISB)
Международное общество биокурации (ISB) — некоммерческая организация, продвигающая область биокурации и предоставляющая форум для обмена информацией на встречах и семинарах. Организация была основана в начале 2009 года[4].
ISB поощряет представителей профессии финансово. Например, ежегодно присуждает премию за карьеру в области биокурации, а раз в два года — премию ISB за выдающийся вклад в биокурацию.
Официальный журнал ISB — Database, который публикует статьи о базах данных и направлении биокурации[21].