С подачи режиссёра и ведущего «Клуба кинопутешествий» В. А. Шнейдерова скоро стал также режиссёром и сценаристом многих своих картин[3][4]. В 1962—1963 годах снимал в Туве, базируясь на Иркутской киностудии.
Автор сюжетов для кинопериодики: «Хочу всё знать» и другой. С советско-индийской кинотрилогией «Неру» (1984) участвовал в XVIII Всесоюзном кинофестивале в Минске, где картина была названа лучшей.
Является автором фильмов-очерков о многих деятелях советского балета. Съёмки Ю. Альдохина со спектаклей и репетиций Ю. Григоровича в Москве, Париже и Лондоне многократно использовались в самых разных передачах о балете[5].
С 1990 года — художественный руководитель студии «Возрождение» ВПТО «Видеофильм».
Автор идеи книги о Ж. Брассенсе, в предисловии которой поделился о встречах и беседах с шансонье во время съёмок фильма «Франция, песня» в Париже в 1967 году[6].
…фильм сделан без дикторского текста в том смысле слова, как мы привыкли его понимать, — текст звучит за экраном, почти не умолкая, перебивается музыкой, иными голосами — это размышляет вслух, комментирует, полемизирует сам то появляющийся перед нами, то уступающий место другим героям фильма Касьян Голейзовский. Вот эти размышления вслух и придают фильму удивительную непринужденность, свободу. Они становятся и выражением творческого манифеста Голейзовского.
…зрителю показаны не спектакль со всеми его слагаемыми, а почерк хореографа и неповторимость танцевальной манеры исполнителя. От естественности перебросок от быта к поэзии и обратно, оттого, как свободно чувствуют себя перед камерой герои фильма, создаётся впечатление какой-то особой артистичной раскованности. И это, безусловно, одно из больших достижений. Здесь нет резонёрства. Есть стремление исподволь вникнуть в процесс рождения хореографического искусства и ненавязчиво, серьёзно объяснить его зрителям. <…> Ю. Альдохин позволяет надеяться на себя как на режиссёра, который сможет соединить в своем искусстве профессионализм работника кинематографа с профессиональным знанием хореографии. Это случай в нашем кино радостный и редкий.
Учебное кино, о котором никто, кроме специалистов, всерьёз не говорит и о котором часто забывает большая критика, иногда ведёт себя откровеннее и смелее, чем обсуждаемое и освещаемое кино научно-популярное и художественное. <…> Это фильм особенный, непривычный и потому не всеми понятый. Его создатели — режиссёр Ю. Альдохин и сценарист В. Коновалова показали процесс нравственного воспитания, роста личности принципиально по-новому. Так естественно и столь сильно, как мы давно уже не видели. Да, фильм адресован педагогам, воспитывающим музыкантов. Но его необходимо посмотреть каждому, кто мечтает быть настоящим Учителем или уже считает себя им.
Государственная премия СССР (1986) — за документально-публицистический фильм «Неру» совместного производства киностудии «Центрнаучфильм» и индийской студии «Филмз-Дивижн»
↑Жорж Брассенс. Поэт, композитор, артист / идея, сост. А. Альдохиной, Ю. Альдохина ; пер. с фр. В. Зайцева. — М.: Рубежи XXI, 2008. — С. 579—587. — 591 с.
↑Справочник Союза кинематографистов СССР. — М.: Всесоюзное бюро пропаганды киноискусства, 1986. — С. 22. — 544 с. — 6000 экз.
Кино. Энциклопедический словарь / Гл. ред. С. И. Юткевич; Редкол.: Ю. С. Афанасьев, В. Е. Баскаков, И. В. Вайсфельд и др. — М.: Советская энциклопедия, 1987. — С. 19. — 640 с. — 100 000 экз. 96 л. ил.