Чотиа, Сайрус

Pause

Сайрус Хоми Чотиа (англ.Cyrus Homi Chothia; 19 февраля 1942 года — 26 ноября 2019 года)[2] — английский биохимик. Член Королевского общества[3][4], почётный сотрудник Лаборатории молекулярной биологии (LMB) Совета медицинских исследований (MRC) при Кембриджском университете[5][6] и почётный научный сотрудник Вольфсон-колледжа в Кембридже[3][7][8][9][10][11][12].

Образование

Сайрус Чотия учился в школе Аллейна[13].

В 1965 году получил степень бакалавра Даремского университета[2] .

В 1967 году — степень магистра в Биркбек-колледже Birkbeck College и докторскую степень в Университетском колледже Лондона[14] под руководством Питера Полинга[15], сына Лайнуса Полинга.

Исследования и карьера

После получения докторской степени Чотия три года работал в Лаборатории молекулярной биологии (LMB).

Затем он сотрудничал с Майклом Левиттом [16] в Институте Вейцмана[17][18], затем с Джоэлем Жаненом в Институте Пастера в Париже[19].

В 1976 году Чотия вернулся в Англию, чтобы работать в Университетском колледже Лондона и LMB. Совместно с Артуром Леском[20][21] он доказал, что белки адаптируются к мутациям путём изменения структуры.

В 1992 году он предположил, что большинство белков построены из доменов, принадлежащих небольшому числу семейств[22]. Он сотрудничал с Алексеем Мурзиным, Стивеном Бреннером и Тимом Хаббардом для создания базы данных структурной классификации белков (SCOP)[23][24], периодической таблицы для всех известных белковых структур. Совместно с Джулианом Гофом он создал базу данных Superfamily[25], которая использует скрытые модели Маркова для идентификации последовательностей белков, родственных последовательностям известных структур.

За свою карьеру Чотия руководил 19 успешными аспирантами[26], включая Алекса Бейтмана, Стивена Э. Бреннера, Марка Бендера Герштейна, Джулиана Гофа, Сары Тейхманн, Биссан Аль-Лазикани[27][28][29], Гога Апик[30], Саманта Барре[31], Мэтью Баштон[32][33][34][35], Дэн Болсер[36], Майкл Бреманг[37], Бернар де Боно[38][39], Эмма Гэнли (Хилл)[40][41][42], Мартин Мадера[43][44], Siarhei Maslau[45], Сьюзен Миллер[46][47][48], Чон Пак (Чон Бхак)[49][50][51], Раджкумар Сасидхаран[52][53] и Кристин Фогель[54][55].

Награды и почётное членство

В 2000 году Сайрус Чотия был избран членом Королевского общества (FRS)[2]. В его свидетельстве об избрании написано:

Доктор Чотиа показал, как аминокислотные последовательности белков определяют их структуру, функции и эволюцию. На основе анализа закономерностей их строения он разработал общепринятую в настоящее время классификацию белковых структур. Его картина эволюции белков предполагает, как белки расходятся и приобретают новые функции. Он помог нам понять, как ограниченный набор слегка отличающихся структур позволяет иммуноглобину распознавать почти безграничное разнообразие различных антигенов.

В 2015 году Чотия был избран членом Международного общества вычислительной биологии (ISCB)[56] и был удостоен премии ISCB для старших научных сотрудников за использование вычислительных методов для понимания структуры белка[57].

Вместе с Дэвидом Хаусслером и Майклом Уотерманом удостоен премии Дэна Дэвида 2015 года за вклад в область биоинформатики.

Примечания

Шаблон:Scholia

  1. ↑ Cyrus Chothia (1942 – 2019)
  2. ↑ 1 2 3 Anon. , // Who's Who. — online Oxford University Press. — A & C Black, an imprint of Bloomsbury Publishing plc, 2014. — doi:10.1093/ww/9780199540884.013.10866. (Subscription or UK public library membership required.)
  3. ↑ 1 2 Wolfson College: Emeritus Fellow Dr Cyrus Chothia MA MSc FRS. Архивировано 5 февраля 2012 года.
  4. ↑ Cyrus Chothia (1942–2019) (27 ноября 2019). Дата обращения: 27 ноября 2019.
  5. ↑ Cyrus Chothia: The protein origins of biological complexity, LMB Emeritus. Архивировано 15 февраля 2012 года.
  6. ↑ Structural genomics and protein structure. Mrc-lmb.cam.ac.uk. Дата обращения: 24 июня 2014. Архивировано 14 февраля 2015 года.
  7. ↑ Шаблон:DBLP
  8. ↑ cyrus chothia. Google Scholar. Дата обращения: 24 июня 2014.
  9. ↑ Chothia, C.; Lesk, A. M.; Tramontano, A.; Levitt, M.; Smith-Gill, S. J.; Air, G.; Sheriff, S.; Padlan, E. A.; Davies, D.; Tulip, W. R.; Colman, P. M.; Spinelli, S.; Alzari, P. M.; Poljak, R. J. (1989). “Conformations of immunoglobulin hypervariable regions”. Nature. 342 (6252): 877—883. Bibcode:1989Natur.342..877C. DOI:10.1038/342877a0. PMID 2687698. S2CID 4241051.
  10. ↑ Lewis, T. E.; Sillitoe, I; Andreeva, A; Blundell, T. L.; Buchan, D. W.; Chothia, C; Cozzetto, D; Dana, J. M.; Filippis, I; Gough, J; Jones, D. T.; Kelley, L. A.; Kleywegt, G. J.; Minneci, F; Mistry, J; Murzin, A. G.; Ochoa-Montaño, B; Oates, M. E.; Punta, M; Rackham, O. J.; Stahlhacke, J; Sternberg, M. J.; Velankar, S; Orengo, C (2015). “Genome3D: Exploiting structure to help users understand their sequences”. Nucleic Acids Research. 43 (Database issue): D382—6. DOI:10.1093/nar/gku973. PMC 4384030. PMID 25348407.
  11. ↑ Chothia, C; Gough, J; Vogel, C; Teichmann, S. A. (2003). “Evolution of the protein repertoire”. Science. 300 (5626): 1701—3. Bibcode:2003Sci...300.1701C. DOI:10.1126/science.1085371. PMID 12805536. S2CID 27681885.
  12. ↑
  13. ↑ Dan David Prize Awarded to Dr Cyrus Chothia. Alleyn's School. Архивировано 23 марта 2015 года.
  14. ↑ Chothia, Cyrus (1973). The crystal structures of some molecules active at cholinergic nerve receptors (PhD thesis). University College London. OCLC 926297115. ProQuest 301370414.
  15. ↑ Chothia, C.; Pauling, P. (1969). “On the conformations of hallucinogenic molecules and their correlation”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 63 (4): 1063—1070. Bibcode:1969PNAS...63.1063C. DOI:10.1073/pnas.63.4.1063. PMC 223427. PMID 4311249.
  16. ↑ Cyrus H. Chothia, Chemistry Tree. Архивировано 27 февраля 2015 года.
  17. ↑ Chothia, C.; Levitt, M.; Richardson, D. (1977). “Structure of proteins: Packing of alpha-helices and pleated sheets”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 74 (10): 4130—4134. Bibcode:1977PNAS...74.4130C. DOI:10.1073/pnas.74.10.4130. PMC 431889. PMID 270659.
  18. ↑ Levitt, M.; Chothia, C. (1976). “Structural patterns in globular proteins”. Nature. 261 (5561): 552—558. Bibcode:1976Natur.261..552L. DOI:10.1038/261552a0. PMID 934293. S2CID 4154884.
  19. ↑ Sweet, R.; Wright, H.; Janin, J.; Chothia, C.; Blow, D. (1974). “Crystal structure of the complex of porcine trypsin with soybean trypsin inhibitor (Kunitz) at 2.6-A resolution”. Biochemistry. 13 (20): 4212—4228. DOI:10.1021/bi00717a024. PMID 4472048.
  20. ↑ Lesk, A.; Chothia, C. (1980). “How different amino acid sequences determine similar protein structures: The structure and evolutionary dynamics of the globins”. Journal of Molecular Biology. 136 (3): 225—270. DOI:10.1016/0022-2836(80)90373-3. PMID 7373651.
  21. ↑ Lesk, A.; Chothia, C. (1980). “Solvent accessibility, protein surfaces, and protein folding”. Biophysical Journal. 32 (1): 35—47. Bibcode:1980BpJ....32...35L. DOI:10.1016/S0006-3495(80)84914-9. PMC 1327253. PMID 7248454.
  22. ↑ Chothia, Cyrus (1992). “One thousand families for the molecular biologist”. Nature. 357 (6379): 543—4. Bibcode:1992Natur.357..543C. DOI:10.1038/357543a0. PMID 1608464. S2CID 4355476.
  23. ↑ Hubbard, T.; Murzin, A.; Brenner, S.; Chothia, C. (1997). “SCOP: A structural classification of proteins database”. Nucleic Acids Research. 25 (1): 236—239. DOI:10.1093/nar/25.1.236. PMC 146380. PMID 9016544.
  24. ↑ UK government grants awarded to Cyrus Chothia. Research Councils UK. Архивировано 15 октября 2014 года.
  25. ↑ Gough, J.; Chothia, C. (2002). “SUPERFAMILY: HMMs representing all proteins of known structure. SCOP sequence searches, alignments and genome assignments”. Nucleic Acids Research. 30 (1): 268—272. DOI:10.1093/nar/30.1.268. PMC 99153. PMID 11752312.
  26. ↑ Alex Bateman. Cyrus Chothia's academic family tree. twitter (2015). Архивировано 15 июля 2015 года.
  27. ↑ Al-Lazikani, Bissan (1999). Canonical structures of immunoglobulins and T cell receptors (PhD thesis). University of Cambridge.
  28. ↑ Dr Bissan Al-Lazikani Team leader. The Institute of Cancer Research. Архивировано 5 марта 2015 года.
  29. ↑ Al-Lazikani, B; Lesk, A. M.; Chothia, C (2000). “Canonical structures for the hypervariable regions of T cell alphabeta receptors”. Journal of Molecular Biology. 295 (4): 979—95. DOI:10.1006/jmbi.1999.3358. PMID 10656805.
  30. ↑ Apic, Gordana (2003). Evolution of multidomain proteins in genomes. lib.cam.ac.uk (PhD thesis). University of Cambridge. OCLC 894594841. Шаблон:EThOS.
  31. ↑ Barré, Samantha; Greenberg, Andrew S.; Flajnik, Martin F.; Chothia, Cyrus (1994). “Structural conservation of hypervariable regions in immunoglobulins evolution”. Nature Structural Biology. 1 (12): 915—920. DOI:10.1038/nsb1294-915. PMID 7773781. S2CID 39728494.
  32. ↑ Bashton, Matthew (2004). Functional analysis of domain combinations (PhD thesis). University of Cambridge.
  33. ↑ Dr Matthew Bashton: Research Associate: INSTINCT project. Архивировано 5 марта 2015 года.
  34. ↑ Bashton, M; Chothia, C (2002). “The geometry of domain combination in proteins”. Journal of Molecular Biology. 315 (4): 927—39. DOI:10.1006/jmbi.2001.5288. PMID 11812158.
  35. ↑ Bashton, M; Chothia, C (2007). “The generation of new protein functions by the combination of domains”. Structure. 15 (1): 85—99. DOI:10.1016/j.str.2006.11.009. PMID 17223535.
  36. ↑ Bolser, Daniel Murray (2007). The surfaces involved in the formation of protein complexes (PhD thesis). University of Cambridge.
  37. ↑ Bremang, Michael Anthony (2012). The mouse protein repertoire : studies on alternative splicing, function and quality (PhD thesis). University of Cambridge.
  38. ↑ de Bono, Bernard (2004). Immunoglobulin superfamily proteins in human and mouse (PhD thesis). University of Cambridge.
  39. ↑ de Bono, B. (2003). “Exegesis: a procedure to improve gene predictions and its use to find immunoglobulin superfamily proteins in the human and mouse genomes”. Nucleic Acids Research. 31 (21): 6096—6103. DOI:10.1093/nar/gkg828. PMC 275470. PMID 14576296.
  40. ↑ Hill, Emma Elizabeth (2002). Evolution of protein families: genome sequences and three dimensional structures (PhD thesis). University of Cambridge.
  41. ↑ Emma Hill's Homepage. University of California, Berkeley. Архивировано 13 июля 2006 года.
  42. ↑ Emma Ganley (née Hill) PLOS staff. PLOS. Архивировано 24 апреля 2015 года.
  43. ↑ Madera, Martin (2005). Hidden Markov models for detection of remote homology (PhD thesis). University of Cambridge.
  44. ↑ Madera, M. (2004). “The SUPERFAMILY database in 2004: additions and improvements”. Nucleic Acids Research. 32 (90001): 235D—239. DOI:10.1093/nar/gkh117. PMC 308851. PMID 14681402.
  45. ↑ Maslau, Siarhei (2007). Formation of the small molecule metabolism of Escherichia coli (PhD thesis). University of Cambridge.
  46. ↑ Miller, G. S. P. (1987). Computer display and manufacture of 3-D models (PhD thesis). University of Cambridge. OCLC 59769936.
  47. ↑ Miller, Susan; Janin, Joël; Lesk, Arthur M.; Chothia, Cyrus (1987). “Interior and surface of monomeric proteins”. Journal of Molecular Biology. 196 (3): 641—656. DOI:10.1016/0022-2836(87)90038-6. PMID 3681970.
  48. ↑ Miller, Susan; Lesk, Arthur M.; Janin, Joël; Chothia, Cyrus (1987). “The accessible surface area and stability of oligomeric proteins”. Nature. 328 (6133): 834—836. Bibcode:1987Natur.328..834M. DOI:10.1038/328834a0. PMID 3627230. S2CID 4349684.
  49. ↑ Park, Jong Hwa (1997). Genome sequence analysis and methods (PhD thesis). University of Cambridge.
  50. ↑ Шаблон:GoogleScholar
  51. ↑ Jong Bhak's home page: An entrepreneur and a scientist. jongbhak.com. Архивировано 20 декабря 2014 года.
  52. ↑ Sasidharan, Rajkumar (2004). Protein evolution : the selection of acceptable mutations (PhD thesis). University of Cambridge.
  53. ↑ Sasidharan, R.; Chothia, C. (2007). “The selection of acceptable protein mutations”. Proceedings of the National Academy of Sciences. 104 (24): 10080—10085. Bibcode:2007PNAS..10410080S. DOI:10.1073/pnas.0703737104. PMC 1891269. PMID 17540730.
  54. ↑ Vogel, Christine (2004). A domain perspective on the evolution of the protein repertoire (PhD thesis). University of Cambridge.
  55. ↑ Vogel, Christine; Chothia, Cyrus (2006). “Protein Family Expansions and Biological Complexity”. PLOS Computational Biology. 2 (5): e48. Bibcode:2006PLSCB...2...48V. DOI:10.1371/journal.pcbi.0020048. PMC 1464810. PMID 16733546. публикация в открытом доступе
  56. ↑ Fogg, C. N.; Kovats, D. E. (2015). “Message from the ISCB: 2015 ISCB Accomplishment by a Senior Scientist Award: Cyrus Chothia”. Bioinformatics. 31 (13): 2238—9. DOI:10.1093/bioinformatics/btv218. PMID 26002905.
  57. ↑ Meet the ISCB Fellows Class of 2015. Дата обращения: 15 февраля 2015. Архивировано 20 февраля 2015 года.
Pause