Чотиа, Сайрус

Сайрус Хоми Чотиа (англ.Cyrus Homi Chothia; 19 февраля 1942 года26 ноября 2019 года)[2] — английский биохимик. Член Королевского общества[3][4], почётный сотрудник Лаборатории молекулярной биологии (LMB) Совета медицинских исследований (MRC) при Кембриджском университете[5][6] и почётный научный сотрудник Вольфсон-колледжа в Кембридже[3][7][8][9][10][11][12].

Образование

Сайрус Чотия учился в школе Аллейна[13].

В 1965 году получил степень бакалавра Даремского университета[2] .

В 1967 году — степень магистра в Биркбек-колледже Birkbeck College и докторскую степень в Университетском колледже Лондона[14] под руководством Питера Полинга[15], сына Лайнуса Полинга.

Исследования и карьера

После получения докторской степени Чотия три года работал в Лаборатории молекулярной биологии (LMB).

Затем он сотрудничал с Майклом Левиттом [16] в Институте Вейцмана[17][18], затем с Джоэлем Жаненом в Институте Пастера в Париже[19].

В 1976 году Чотия вернулся в Англию, чтобы работать в Университетском колледже Лондона и LMB. Совместно с Артуром Леском[20][21] он доказал, что белки адаптируются к мутациям путём изменения структуры.

В 1992 году он предположил, что большинство белков построены из доменов, принадлежащих небольшому числу семейств[22]. Он сотрудничал с Алексеем Мурзиным, Стивеном Бреннером и Тимом Хаббардом для создания базы данных структурной классификации белков (SCOP)[23][24], периодической таблицы для всех известных белковых структур. Совместно с Джулианом Гофом он создал базу данных Superfamily[25], которая использует скрытые модели Маркова для идентификации последовательностей белков, родственных последовательностям известных структур.

За свою карьеру Чотия руководил 19 успешными аспирантами[26], включая Алекса Бейтмана, Стивена Э. Бреннера, Марка Бендера Герштейна, Джулиана Гофа, Сары Тейхманн, Биссан Аль-Лазикани[27][28][29], Гога Апик[30], Саманта Барре[31], Мэтью Баштон[32][33][34][35], Дэн Болсер[36], Майкл Бреманг[37], Бернар де Боно[38][39], Эмма Гэнли (Хилл)[40][41][42], Мартин Мадера[43][44], Siarhei Maslau[45], Сьюзен Миллер[46][47][48], Чон Пак (Чон Бхак)[49][50][51], Раджкумар Сасидхаран[52][53] и Кристин Фогель[54][55].

Награды и почётное членство

В 2000 году Сайрус Чотия был избран членом Королевского общества (FRS)[2]. В его свидетельстве об избрании написано:

Доктор Чотиа показал, как аминокислотные последовательности белков определяют их структуру, функции и эволюцию. На основе анализа закономерностей их строения он разработал общепринятую в настоящее время классификацию белковых структур. Его картина эволюции белков предполагает, как белки расходятся и приобретают новые функции. Он помог нам понять, как ограниченный набор слегка отличающихся структур позволяет иммуноглобину распознавать почти безграничное разнообразие различных антигенов.

В 2015 году Чотия был избран членом Международного общества вычислительной биологии (ISCB)[56] и был удостоен премии ISCB для старших научных сотрудников за использование вычислительных методов для понимания структуры белка[57].

Вместе с Дэвидом Хаусслером и Майклом Уотерманом удостоен премии Дэна Дэвида 2015 года за вклад в область биоинформатики.

Примечания

Шаблон:Scholia

  1. Cyrus Chothia (1942 – 2019)
  2. 1 2 3 Anon. , // Who's Who. — online Oxford University Press. — A & C Black, an imprint of Bloomsbury Publishing plc, 2014. — doi:10.1093/ww/9780199540884.013.10866. (Subscription or UK public library membership required.)
  3. 1 2 Wolfson College: Emeritus Fellow Dr Cyrus Chothia MA MSc FRS. Архивировано 5 февраля 2012 года.
  4. Cyrus Chothia (1942–2019) (27 ноября 2019). Дата обращения: 27 ноября 2019.
  5. Cyrus Chothia: The protein origins of biological complexity, LMB Emeritus. Архивировано 15 февраля 2012 года.
  6. Structural genomics and protein structure. Mrc-lmb.cam.ac.uk. Дата обращения: 24 июня 2014. Архивировано 14 февраля 2015 года.
  7. Шаблон:DBLP
  8. cyrus chothia. Google Scholar. Дата обращения: 24 июня 2014.
  9. Chothia, C.; Lesk, A. M.; Tramontano, A.; Levitt, M.; Smith-Gill, S. J.; Air, G.; Sheriff, S.; Padlan, E. A.; Davies, D.; Tulip, W. R.; Colman, P. M.; Spinelli, S.; Alzari, P. M.; Poljak, R. J. (1989). “Conformations of immunoglobulin hypervariable regions”. Nature. 342 (6252): 877—883. Bibcode:1989Natur.342..877C. DOI:10.1038/342877a0. PMID 2687698. S2CID 4241051.
  10. Lewis, T. E.; Sillitoe, I; Andreeva, A; Blundell, T. L.; Buchan, D. W.; Chothia, C; Cozzetto, D; Dana, J. M.; Filippis, I; Gough, J; Jones, D. T.; Kelley, L. A.; Kleywegt, G. J.; Minneci, F; Mistry, J; Murzin, A. G.; Ochoa-Montaño, B; Oates, M. E.; Punta, M; Rackham, O. J.; Stahlhacke, J; Sternberg, M. J.; Velankar, S; Orengo, C (2015). “Genome3D: Exploiting structure to help users understand their sequences”. Nucleic Acids Research. 43 (Database issue): D382—6. DOI:10.1093/nar/gku973. PMC 4384030. PMID 25348407.
  11. Chothia, C; Gough, J; Vogel, C; Teichmann, S. A. (2003). “Evolution of the protein repertoire”. Science. 300 (5626): 1701—3. Bibcode:2003Sci...300.1701C. DOI:10.1126/science.1085371. PMID 12805536. S2CID 27681885.
  12. Dan David Prize Awarded to Dr Cyrus Chothia. Alleyn's School. Архивировано 23 марта 2015 года.
  13. Chothia, Cyrus (1973). The crystal structures of some molecules active at cholinergic nerve receptors (PhD thesis). University College London. OCLC 926297115. ProQuest 301370414.
  14. Chothia, C.; Pauling, P. (1969). “On the conformations of hallucinogenic molecules and their correlation”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 63 (4): 1063—1070. Bibcode:1969PNAS...63.1063C. DOI:10.1073/pnas.63.4.1063. PMC 223427. PMID 4311249.
  15. Cyrus H. Chothia, Chemistry Tree. Архивировано 27 февраля 2015 года.
  16. Chothia, C.; Levitt, M.; Richardson, D. (1977). “Structure of proteins: Packing of alpha-helices and pleated sheets”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 74 (10): 4130—4134. Bibcode:1977PNAS...74.4130C. DOI:10.1073/pnas.74.10.4130. PMC 431889. PMID 270659.
  17. Levitt, M.; Chothia, C. (1976). “Structural patterns in globular proteins”. Nature. 261 (5561): 552—558. Bibcode:1976Natur.261..552L. DOI:10.1038/261552a0. PMID 934293. S2CID 4154884.
  18. Sweet, R.; Wright, H.; Janin, J.; Chothia, C.; Blow, D. (1974). “Crystal structure of the complex of porcine trypsin with soybean trypsin inhibitor (Kunitz) at 2.6-A resolution”. Biochemistry. 13 (20): 4212—4228. DOI:10.1021/bi00717a024. PMID 4472048.
  19. Lesk, A.; Chothia, C. (1980). “How different amino acid sequences determine similar protein structures: The structure and evolutionary dynamics of the globins”. Journal of Molecular Biology. 136 (3): 225—270. DOI:10.1016/0022-2836(80)90373-3. PMID 7373651.
  20. Lesk, A.; Chothia, C. (1980). “Solvent accessibility, protein surfaces, and protein folding”. Biophysical Journal. 32 (1): 35—47. Bibcode:1980BpJ....32...35L. DOI:10.1016/S0006-3495(80)84914-9. PMC 1327253. PMID 7248454.
  21. Chothia, Cyrus (1992). “One thousand families for the molecular biologist”. Nature. 357 (6379): 543—4. Bibcode:1992Natur.357..543C. DOI:10.1038/357543a0. PMID 1608464. S2CID 4355476.
  22. Hubbard, T.; Murzin, A.; Brenner, S.; Chothia, C. (1997). “SCOP: A structural classification of proteins database”. Nucleic Acids Research. 25 (1): 236—239. DOI:10.1093/nar/25.1.236. PMC 146380. PMID 9016544.
  23. UK government grants awarded to Cyrus Chothia. Research Councils UK. Архивировано 15 октября 2014 года.
  24. Gough, J.; Chothia, C. (2002). “SUPERFAMILY: HMMs representing all proteins of known structure. SCOP sequence searches, alignments and genome assignments”. Nucleic Acids Research. 30 (1): 268—272. DOI:10.1093/nar/30.1.268. PMC 99153. PMID 11752312.
  25. Alex Bateman. Cyrus Chothia's academic family tree. twitter (2015). Архивировано 15 июля 2015 года.
  26. Al-Lazikani, Bissan (1999). Canonical structures of immunoglobulins and T cell receptors (PhD thesis). University of Cambridge.
  27. Dr Bissan Al-Lazikani Team leader. The Institute of Cancer Research. Архивировано 5 марта 2015 года.
  28. Al-Lazikani, B; Lesk, A. M.; Chothia, C (2000). “Canonical structures for the hypervariable regions of T cell alphabeta receptors”. Journal of Molecular Biology. 295 (4): 979—95. DOI:10.1006/jmbi.1999.3358. PMID 10656805.
  29. Apic, Gordana (2003). Evolution of multidomain proteins in genomes. lib.cam.ac.uk (PhD thesis). University of Cambridge. OCLC 894594841. Шаблон:EThOS.
  30. Barré, Samantha; Greenberg, Andrew S.; Flajnik, Martin F.; Chothia, Cyrus (1994). “Structural conservation of hypervariable regions in immunoglobulins evolution”. Nature Structural Biology. 1 (12): 915—920. DOI:10.1038/nsb1294-915. PMID 7773781. S2CID 39728494.
  31. Bashton, Matthew (2004). Functional analysis of domain combinations (PhD thesis). University of Cambridge.
  32. Dr Matthew Bashton: Research Associate: INSTINCT project. Архивировано 5 марта 2015 года.
  33. Bashton, M; Chothia, C (2002). “The geometry of domain combination in proteins”. Journal of Molecular Biology. 315 (4): 927—39. DOI:10.1006/jmbi.2001.5288. PMID 11812158.
  34. Bashton, M; Chothia, C (2007). “The generation of new protein functions by the combination of domains”. Structure. 15 (1): 85—99. DOI:10.1016/j.str.2006.11.009. PMID 17223535.
  35. Bolser, Daniel Murray (2007). The surfaces involved in the formation of protein complexes (PhD thesis). University of Cambridge.
  36. Bremang, Michael Anthony (2012). The mouse protein repertoire : studies on alternative splicing, function and quality (PhD thesis). University of Cambridge.
  37. de Bono, Bernard (2004). Immunoglobulin superfamily proteins in human and mouse (PhD thesis). University of Cambridge.
  38. de Bono, B. (2003). “Exegesis: a procedure to improve gene predictions and its use to find immunoglobulin superfamily proteins in the human and mouse genomes”. Nucleic Acids Research. 31 (21): 6096—6103. DOI:10.1093/nar/gkg828. PMC 275470. PMID 14576296.
  39. Hill, Emma Elizabeth (2002). Evolution of protein families: genome sequences and three dimensional structures (PhD thesis). University of Cambridge.
  40. Emma Hill's Homepage. University of California, Berkeley. Архивировано 13 июля 2006 года.
  41. Emma Ganley (née Hill) PLOS staff. PLOS. Архивировано 24 апреля 2015 года.
  42. Madera, Martin (2005). Hidden Markov models for detection of remote homology (PhD thesis). University of Cambridge.
  43. Madera, M. (2004). “The SUPERFAMILY database in 2004: additions and improvements”. Nucleic Acids Research. 32 (90001): 235D—239. DOI:10.1093/nar/gkh117. PMC 308851. PMID 14681402.
  44. Maslau, Siarhei (2007). Formation of the small molecule metabolism of Escherichia coli (PhD thesis). University of Cambridge.
  45. Miller, G. S. P. (1987). Computer display and manufacture of 3-D models (PhD thesis). University of Cambridge. OCLC 59769936.
  46. Miller, Susan; Janin, Joël; Lesk, Arthur M.; Chothia, Cyrus (1987). “Interior and surface of monomeric proteins”. Journal of Molecular Biology. 196 (3): 641—656. DOI:10.1016/0022-2836(87)90038-6. PMID 3681970.
  47. Miller, Susan; Lesk, Arthur M.; Janin, Joël; Chothia, Cyrus (1987). “The accessible surface area and stability of oligomeric proteins”. Nature. 328 (6133): 834—836. Bibcode:1987Natur.328..834M. DOI:10.1038/328834a0. PMID 3627230. S2CID 4349684.
  48. Park, Jong Hwa (1997). Genome sequence analysis and methods (PhD thesis). University of Cambridge.
  49. Шаблон:GoogleScholar
  50. Jong Bhak's home page: An entrepreneur and a scientist. jongbhak.com. Архивировано 20 декабря 2014 года.
  51. Sasidharan, Rajkumar (2004). Protein evolution : the selection of acceptable mutations (PhD thesis). University of Cambridge.
  52. Sasidharan, R.; Chothia, C. (2007). “The selection of acceptable protein mutations”. Proceedings of the National Academy of Sciences. 104 (24): 10080—10085. Bibcode:2007PNAS..10410080S. DOI:10.1073/pnas.0703737104. PMC 1891269. PMID 17540730.
  53. Vogel, Christine (2004). A domain perspective on the evolution of the protein repertoire (PhD thesis). University of Cambridge.
  54. Vogel, Christine; Chothia, Cyrus (2006). “Protein Family Expansions and Biological Complexity”. PLOS Computational Biology. 2 (5): e48. Bibcode:2006PLSCB...2...48V. DOI:10.1371/journal.pcbi.0020048. PMC 1464810. PMID 16733546. публикация в открытом доступе
  55. Fogg, C. N.; Kovats, D. E. (2015). “Message from the ISCB: 2015 ISCB Accomplishment by a Senior Scientist Award: Cyrus Chothia”. Bioinformatics. 31 (13): 2238—9. DOI:10.1093/bioinformatics/btv218. PMID 26002905.
  56. Meet the ISCB Fellows Class of 2015. Дата обращения: 15 февраля 2015. Архивировано 20 февраля 2015 года.