АссистентНовый вопросИсторияОбласти знаний
Партнёрские проектыСпецпроектыСтать автором
Сменить язык
О РУВИКИ

BacDive

BacDive (англ. The Bacterial Diversity Database) — крупнейшая в мире база данных стандартизированной информации о штаммах бактерий и архей.

BacDive представляет собой комплексный ресурс, содержащий разнообразные данные о штаммах бактерий и архей, включая таксономию, морфологию, физиологию, данные о пробоотборе и окружающей среде, а также информацию о последовательностях[1][2]. База данных построена на основе курируемых данных из коллекций культур. В 2025 году BacDive содержит информацию о 99 392 штаммах, включая 21 168 типовых штаммов. База данных размещается в Лейбниц-институте DSMZ — Немецкой коллекции микроорганизмов и клеточных культур GmbH и является частью интегрированной цифровой инфраструктуры DSMZ Digital Diversity. BacDive входит в состав de.NBI — Немецкой сети биоинформационной инфраструктуры, а также ELIXIR. Global Biodata Coalition в 2022 году присвоила BacDive статус Global Core Biodata Resource (GCBR)[3]. В 2023 году BacDive также был признан ELIXIR Core Data Resource[4].

Содержимое базы данных

BacDive был впервые представлен в апреле 2012 года с целью стандартизации и публичного предоставления данных о штаммах из коллекций культур, других компендиев и публикаций. Первый релиз содержал 89 758 записей по 18 157 штаммам и 179 различных используемых полей данных[5].

В настоящее время (на декабрь 2024 года) база данных включает более 1000 различных полей данных. Сейчас база содержит 2 709 516 записей по 99 392 штаммам. Каждая запись связана с источником[6]. Данные для каждого штамма разделены на категории: «Имя и таксономическая классификация», «Морфология», «Культура и условия роста», «Физиология и метаболизм», «Изоляция, пробоотбор и экологическая информация», «Информация по безопасности», «Информация о последовательностях»[7].

С 2023 года в отдельном разделе «Геномные предсказания» представлены высококачественные предсказанные данные, полученные с помощью моделей машинного обучения, обученных на курируемых данных BacDive[8].

Доступ к данным

Доступ к данным возможен через графический интерфейс пользователя (GUI), через RESTful веб-сервис[9], или через SPARQL-endpoint.

Графический интерфейс предоставляет простой поиск с автодополнением для поиска штаммов по названию, номеру коллекции культур, NCBI Tax ID или номеру доступа к последовательности INSDC. Кроме того, пользователь может воспользоваться расширенным поиском, который позволяет искать по 130 полям данных и выполнять сложные запросы с объединением нескольких полей. Данные можно скачать в формате CSV для одного или нескольких штаммов[8].

Через RESTful web service portal содержимое BacDive может быть получено автоматически (требуется бесплатная регистрация). Для поддержки работы с API доступны программные клиенты на Python и R.

Другие базы данных

Для данных, выходящих за рамки BacDive, предоставляются ссылки на другие базы данных.

Другие базы данных в инфраструктуре DSMZ Digital Diversity:

Внешние базы данных:

Примечания

  1. ↑ Abu-Jamous, Basel. Integrative Cluster Analysis in Bioinformatics / Basel Abu-Jamous, Rui Fa, Asoke K. Nandi. — John Wiley & Sons, 2015. — P. 448. — ISBN 9781118906552.
  2. ↑ Reimer, LC, Sardà Carbasse, J, Koblitz, J, Ebeling, C, Podstawka, A, Overmann, J (2022-01-07). “BacDive in 2022: the knowledge base for standardized bacterial and archaeal data”. Nucleic Acids Research. 50 (Database issue): D741—D746. DOI:10.1093/nar/gkab961.
  3. ↑ Database from Braunschweig is essential for global bacteria research. dsmz.de. Дата обращения: 14 ноября 2024.
  4. ↑ ELIXIR announces new Core Data Resources and Recommended Interoperability Resources. elixir-europe.org (14 декабря 2023). Дата обращения: 14 ноября 2024.
  5. ↑ Söhngen, C, Boyke, B, Podstawka, A, Gleim, D, Overmann, J (2013-10-13). “BacDive - The Bacterial Diversity Metadatabase”. Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D592—D599. DOI:10.1093/nar/gkt1058.
  6. ↑ BacDive News (19 декабря 2024).
  7. ↑ Reimer, LC, Vetcininova, A, Sardà Carbasse, J, Söhngen, C, Gleim, D, Ebeling, C, Overmann, J (2018-09-17). “BacDive in 2019: bacterial phenotypic data for High-throughput biodiversity analysis”. Nucleic Acids Research. 47 (Database issue): D631—D636. DOI:10.1093/nar/gky879.
  8. ↑ 1 2 Schober, I, Koblitz, J, Sardà Carbasse, J, Ebeling, C, Schmidt, ML, Podstawka, A, Gupta, R, Ilangovan, V, Chamanara, J, Overmann, J, Reimer, LC (2024-10-29). “BacDive in 2025: the core database for prokaryotic strain data”. Nucleic Acids Research. 53 (D1): D748—D756. DOI:10.1093/nar/gkae959.
  9. ↑ Söhngen, C, Podstawka, A, Boyke, B, Gleim, D, Vetcininova, A, Reimer, LC, Ebeling, C, Pendarovski, C, Overmann, J (2015-09-30). “BacDive - The Bacterial Diversity Metadatabase in 2016”. Nucleic Acids Research. 44 (Database issue): D581—D585. DOI:10.1093/nar/gkv983.

Ссылки

Категории