Avibase
Avibase — это онлайн база данных, представляющая собой таксономическую систему, которая организует таксономические данные и сведения о распространении птиц по всему миру. В своей основе база данных опирается на понятие таксономических концепций[1]. Вместо использования только таксономических названий,[2][3][4][5] Avibase включает и организует таксономические данные ведущих орнитологических изданий (The Clements Checklist of Birds of the World[6], Handbook of the Birds of the World, BirdLife International[7], IOC Checklist и Howard and Moore Complete Checklist of the Birds of the World), а также других региональных источников (например, все издания American Ornithological Society Checklist of North American Birds с 1886 года). Таксономические концепции более чем из 230 различных таксономических источников были сопоставлены и соотнесены с концепциями Avibase.
Сайт также предлагает контрольные списки для более чем 20 000 географических регионов мира, страницы видов с таксономической информацией и синонимами, а также инструменты для наблюдателей птиц, позволяющие вести собственные наблюдения и получать отчёты (например, карту, показывающую страны или точки доступа eBird с количеством целевых видов, отсутствующих в их списках жизни).
Общие сведения
| Avibase | |
|---|---|
| URL | avibase.bsc-eoc.org |
| Начало работы | 2003 |
История и назначение
Avibase была создана и поддерживается Денисом Лепажем, нынешним старшим директором по науке и управлению данными в Birds Canada. Данные, содержащиеся в Avibase, собираются с 1991 года[8]. Веб-сайт Avibase был запущен в июне 2003 года и с момента создания размещается на серверах Birds Canada (ранее Bird Studies Canada).
Характеристики
Таксономические концепции: база данных организована в первую очередь вокруг таблицы уникальных таксономических концепций. Каждая концепция представляет собой уникальную биологическую группировку и имеет уникальный буквенно-цифровой идентификатор — Avibase ID. Идентификаторы Avibase позволяют отслеживать совпадающие таксономические концепции между различными публикациями. В Avibase описано около 58 000 уникальных таксономических концепций. К ним относятся традиционно признаваемые концепции, такие как виды и подвиды, а также другие таксономические группировки (группы подвидов), различные альтернативные таксономические трактовки, признанные исторически, и другие концепции, представляющие гибриды, полиморфизм и недействительные или сомнительные формы.
Данные по номенклатуре: для каждого научного названия приводятся также данные о цитировании и имя, связанное с оригинальным описанием. В Avibase зарегистрировано около 48 000 таких названий, а также доступны различные типы синонимов.
Региональные контрольные списки видов: существуют региональные списки видов для более чем 20 000 регионов мира. Это включает все страны, территории и зависимые территории, а также большинство регионов, определённых в субнациональных слоях GADM, таких как провинции, штаты, префектуры, округа, департаменты, муниципалитеты и районы (уровни 1 и 2 GADM), а также более 2 500 островов. Региональные списки доступны в различных таксономических форматах и могут включать общие названия на разных языках. Данные для региональных контрольных списков поступают из множества источников, таких как набор данных EBD от eBird и форумы, например Global Rare Bird Alert на Facebook.
Общие названия и синонимы: доступны на 271 языке и региональных вариантах, причём для 21 языка охват превышает 85 % видов с известным общим названием.
MyAvibase: запущен в 2013 году, предоставляет бесплатные инструменты для пользователей, желающих вести свои списки жизни и формировать отчёты, ориентированные на поиск целевых видов, которых наблюдатель ещё не видел (куда поехать, что посмотреть, когда поехать, сколько времени провести), а также общую региональную статистику (например, общее количество видов по странам).
Использование информации из базы данных
Avibase используется как источник данных во многих веб-публикациях и рецензируемых научных работах. Например, часто используется как основной источник в Википедии. Также на неё ссылаются и используют её данные более чем в 600 публикациях[9], особенно в областях экологии[10], охраны природы[11], паразитологии, здравоохранения[12], таксономии[13][14] и биоинформатике[15].
Идентификаторы Avibase используются для разрешения неоднозначностей в научных названиях птиц и были приняты в контрольном списке птиц Северной Америки Американского орнитологического общества[16]. Avibase также используется как справочный источник таксономической информации исследовательскими группами, такими как база данных по исследованию гриппа (Influenza Research Database).
Примечания
Литература
- Mitch, Leslie. Where Eagles-and Sparrows-Dare. — 2004. — Vol. 304. — P. 935.
- Lepage, Denis, Vaidya, Gaurav, Gulralnick, Robert (2014). “Avibase – a database system for managing and organizing taxonomic concepts”. ZooKeys (420): 117—135. DOI:10.3897/zookeys.420.7089.
- What's in a name? Shifting meanings of biological names. Pensoft Publishers (2014).
- Remsen, David (2016). “The Use and Limits of Scientific Names in Biological Informatics”. ZooKeys (550): 207—223. DOI:10.3897/zookeys.550.9546.
- Dickinson, Edward C. (2016). “Reinforcing the Foundations of Ornithological Nomenclature: Filling the Gaps in Sherborn's and Richmond's Historical Legacy of Bibliographic Exploration”. ZooKeys (550): 107—134. DOI:10.3897/zookeys.550.9546.
- Sterner, Beckett, Franz, Nico M. (2017). “Taxonomy for Humans or Computers? Cognitive Pragmatics for Big Data”. Biological Theory. 12 (2): 99—111. DOI:10.1007/s13752-017-0259-5.
- Christidis, Les, Garnett, Stephen T. (2017). “Taxonomy anarchy hampers conservation”. Nature. 546 (7656): 25—27. DOI:10.1038/546025a.
- Vaidya, Gaurav, Lepage, Denis, Gulralnick, Robert (2018). “The tempo and mode of the taxonomic correction process: How taxonomists have corrected and recorrected North American bird species over the last 127 years”. PLOS ONE. 13 (4): e0195736. DOI:10.1371/journal.pone.0195736.