АссистентНовый вопросИсторияОбласти знаний
Партнёрские проектыСпецпроектыСтать автором
Сменить язык
О РУВИКИ

Avibase

Avibase — это онлайн база данных, представляющая собой таксономическую систему, которая организует таксономические данные и сведения о распространении птиц по всему миру. В своей основе база данных опирается на понятие таксономических концепций[1]. Вместо использования только таксономических названий,[2][3][4][5] Avibase включает и организует таксономические данные ведущих орнитологических изданий (The Clements Checklist of Birds of the World[6], Handbook of the Birds of the World, BirdLife International[7], IOC Checklist и Howard and Moore Complete Checklist of the Birds of the World), а также других региональных источников (например, все издания American Ornithological Society Checklist of North American Birds с 1886 года). Таксономические концепции более чем из 230 различных таксономических источников были сопоставлены и соотнесены с концепциями Avibase.

Сайт также предлагает контрольные списки для более чем 20 000 географических регионов мира, страницы видов с таксономической информацией и синонимами, а также инструменты для наблюдателей птиц, позволяющие вести собственные наблюдения и получать отчёты (например, карту, показывающую страны или точки доступа eBird с количеством целевых видов, отсутствующих в их списках жизни).

Общие сведения
Avibase
URL avibase.bsc-eoc.org
Начало работы 2003

История и назначение

Avibase была создана и поддерживается Денисом Лепажем, нынешним старшим директором по науке и управлению данными в Birds Canada. Данные, содержащиеся в Avibase, собираются с 1991 года[8]. Веб-сайт Avibase был запущен в июне 2003 года и с момента создания размещается на серверах Birds Canada (ранее Bird Studies Canada).

Характеристики

Таксономические концепции: база данных организована в первую очередь вокруг таблицы уникальных таксономических концепций. Каждая концепция представляет собой уникальную биологическую группировку и имеет уникальный буквенно-цифровой идентификатор — Avibase ID. Идентификаторы Avibase позволяют отслеживать совпадающие таксономические концепции между различными публикациями. В Avibase описано около 58 000 уникальных таксономических концепций. К ним относятся традиционно признаваемые концепции, такие как виды и подвиды, а также другие таксономические группировки (группы подвидов), различные альтернативные таксономические трактовки, признанные исторически, и другие концепции, представляющие гибриды, полиморфизм и недействительные или сомнительные формы.

Данные по номенклатуре: для каждого научного названия приводятся также данные о цитировании и имя, связанное с оригинальным описанием. В Avibase зарегистрировано около 48 000 таких названий, а также доступны различные типы синонимов.

Региональные контрольные списки видов: существуют региональные списки видов для более чем 20 000 регионов мира. Это включает все страны, территории и зависимые территории, а также большинство регионов, определённых в субнациональных слоях GADM, таких как провинции, штаты, префектуры, округа, департаменты, муниципалитеты и районы (уровни 1 и 2 GADM), а также более 2 500 островов. Региональные списки доступны в различных таксономических форматах и могут включать общие названия на разных языках. Данные для региональных контрольных списков поступают из множества источников, таких как набор данных EBD от eBird и форумы, например Global Rare Bird Alert на Facebook.

Общие названия и синонимы: доступны на 271 языке и региональных вариантах, причём для 21 языка охват превышает 85 % видов с известным общим названием.

MyAvibase: запущен в 2013 году, предоставляет бесплатные инструменты для пользователей, желающих вести свои списки жизни и формировать отчёты, ориентированные на поиск целевых видов, которых наблюдатель ещё не видел (куда поехать, что посмотреть, когда поехать, сколько времени провести), а также общую региональную статистику (например, общее количество видов по странам).

Использование информации из базы данных

Avibase используется как источник данных во многих веб-публикациях и рецензируемых научных работах. Например, часто используется как основной источник в Википедии. Также на неё ссылаются и используют её данные более чем в 600 публикациях[9], особенно в областях экологии[10], охраны природы[11], паразитологии, здравоохранения[12], таксономии[13][14] и биоинформатике[15].

Идентификаторы Avibase используются для разрешения неоднозначностей в научных названиях птиц и были приняты в контрольном списке птиц Северной Америки Американского орнитологического общества[16]. Avibase также используется как справочный источник таксономической информации исследовательскими группами, такими как база данных по исследованию гриппа (Influenza Research Database).

Примечания

  1. ↑ Kennedy, J., Hyam, R., Kukla, R., Paterson, T. (2006-06-01). “Standard Data Model Representation for Taxonomic Information”. OMICS: A Journal of Integrative Biology [англ.]. 10 (2): 220—230. DOI:10.1089/omi.2006.10.220. Дата обращения 2021-07-07.
  2. ↑ Lepage, Denis, Vaidya, Gaurav, Guralnick, Robert (2014-06-25). “Avibase – a database system for managing and organizing taxonomic concepts”. ZooKeys [англ.]. 420: 117—135. DOI:10.3897/zookeys.420.7089. ISSN 1313-2970. Дата обращения 2021-07-07.
  3. ↑ Sterner, Beckett, Franz, Nico M. (2017-06-01). “Taxonomy for Humans or Computers? Cognitive Pragmatics for Big Data”. Biological Theory [англ.]. 12 (2): 99—111. DOI:10.1007/s13752-017-0259-5. ISSN 1555-5550. Дата обращения 2021-07-07.
  4. ↑ Franz, Nico M, Sterner, Beckett W (2018-01-01). “To increase trust, change the social design behind aggregated biodiversity data”. Database [англ.]. 2018 (bax100). DOI:10.1093/database/bax100. ISSN 1758-0463. Дата обращения 2021-07-07.
  5. ↑ Franz, Nico, Gilbert, Edward, Ludäscher, Bertram, Weakley, Alan (2016-09-30). “Controlling the taxonomic variable: Taxonomic concept resolution for a southeastern United States herbarium portal”. Research Ideas and Outcomes [англ.]. 2: e10610. DOI:10.3897/rio.2.e10610. ISSN 2367-7163. Дата обращения 2021-07-07.
  6. ↑ Downloadable Checklist (англ.). www.birds.cornell.edu. Дата обращения: 7 июля 2021.
  7. ↑ Handbook of the Birds of the World and BirdLife International digital checklist of the birds of the world. Version 4. HBW and BirdLife International (декабрь 2019)
  8. ↑ Avibase - La Base de Datos de Aves del Mundo (исп.). avibase.bsc-eoc.org. Дата обращения: 7 июля 2021.
  9. ↑ Avibase - La Base de Datos de Aves del Mundo. avibase.bsc-eoc.org. Дата обращения: 7 июля 2021.
  10. ↑ Redding, David W., Mooers, Arne O., Şekercioğlu, Çağan H., Collen, Ben (2015-02-19). “Global evolutionary isolation measures can capture key local conservation species in Nearctic and Neotropical bird communities”. Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences [англ.]. 370 (1662): 20140013. DOI:10.1098/rstb.2014.0013. Дата обращения 2021-07-07.
  11. ↑ Rodríguez, Jon Paul, Simonetti, Javier A., Premoli, Andrea, Marini, Miguel Ângelo (2005). “Conservation in Austral and Neotropical America: Building Scientific Capacity Equal to the Challenges”. Conservation Biology [англ.]. 19 (3): 969—972. ISSN 0888-8892. Дата обращения 2021-07-07.
  12. ↑ Dunn, Robert R., Davies, T. Jonathan, Harris, Nyeema C., Gavin, Michael C. (2010-09-07). “Global drivers of human pathogen richness and prevalence”. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences [англ.]. 277 (1694): 2587—2595. DOI:10.1098/rspb.2010.0340. PMC 2982038. Дата обращения 2021-07-07.
  13. ↑ Sterner, Beckett, Witteveen, Joeri, Franz, Nico (2020-02-06). “Coordinating dissent as an alternative to consensus classification: insights from systematics for bio-ontologies”. History and Philosophy of the Life Sciences [англ.]. 42 (1): 8. DOI:10.1007/s40656-020-0300-z. ISSN 1742-6316. Дата обращения 2021-07-07.
  14. ↑ Minelli, Alessandro (2020-01-31). “Taxonomy needs pluralism, but a controlled and manageable one”. Megataxa [англ.]. 1 (1): 9–18–9–18. DOI:10.11646/megataxa.1.1.3. ISSN 2703-3090. Дата обращения 2021-07-07.
  15. ↑ Zermoglio, Paula F., Guralnick, Robert P., Wieczorek, John R. (2016-01-13). “A Standardized Reference Data Set for Vertebrate Taxon Name Resolution”. PLOS ONE [англ.]. 11 (1): e0146894. DOI:10.1371/journal.pone.0146894. ISSN 1932-6203. PMC 4711887. Дата обращения 2021-07-07.
  16. ↑ "Check-list of North American Birds (online)." Chesser, R. T., K. J. Burns, C. Cicero, J. L. Dunn, A. W. Kratter, I. J. Lovette, P. C. Rasmussen, J. V. Remsen, Jr., D. F. Stotz, and K. Winker. 2019. American Ornithological Society.

Литература

Ссылки

Категории