Образуется при слиянии рек Сартанг и Дулгалах, стекающих с Верхоянского хребта[3], высота истока — 132 м над уровнем моря[4]. После слияния река течёт в широкой и глубокой долине; от впадения Адычи долина расширяется до 10 км и более, русло разделяется на протоки. При пересечении северной оконечности хребта Кулар долина сужается, в русле — пороги; ниже Яна протекает по Яно-Индигирской низменности в очень извилистом русле и разбивается на рукава.
При впадении в Янский заливморя Лаптевых образует дельту площадью 10 200 км², основные её протоки: Самандон (образующая собственную дельту), Главное русло — идёт к северу, влево от него отходит протока Правая. В бассейне Яны около 40 тысяч озёр.
В 120 км от устья Яны на второй 18-метровой террасе находится Янская стоянка — самый северный памятник верхнего палеолита (71° с. ш.). Из двух молочных зубов Homo sapiens возрастом около 31,6 тыс. л. н. удалось секвенировать ДНК[5][6]. В среднем течении Яны находится стоянка Бунге-Толля 1885 (68° с. ш.)[7]. На стоянке Бунге-Толля/1885 (BT-1885, Yunigen Creek в долине Яны[8]) обнаружили плечевую кость плейстоценового волка с прижизненным повреждением от какого-то орудия, возможно копья. Животное продолжало жить после травмы. Радиоуглеродный возраст находки — 47 тыс. лет назад[9][10].
Питание преимущественно дождевое и снеговое. За май — август проходит до 90 % годового стока. Уровень воды колеблется в пределах 9 м в среднем течении, в низовьях (Казачье) — 11,9 м. Среднегодовой расход воды у Верхоянска — 150 м³/с, в 381 км от устья — 925 м³/с. Расход в устье составляет 1000 м³/с. Наибольшие расходы весной — 2840 у Верхоянска и 12 400 м³/с в 381 км от устья, летом — 2300 и 13 000 м³/с соответственно. Замерзает в конце сентября — начале октября, от верховьев к устью. У Верхоянска ежегодно перемерзает на 70—110 суток; вскрывается во 2-й половине мая — 1-й половине июня.[13]
Судоходство на протяжении 730 км от устья; на участке Батагай — Верхоянск нерегулярно, возможно лишь в полноводный период. Рыболовство: в основном сибирская ряпушка (40 % всего улова), муксун, чир, налим, пелядь. Паромные и ледовые переправы.
Гидроэнергетические ресурсы бассейна Яны оцениваются в 6,9 млн кВт.
↑Ресурсы поверхностных вод СССР: Гидрологическая изученность. Т. 17. Ленско-Индигирский район. Вып. 7. Яна, Индигирка / под ред. И. В. Осиповой. — Л.: Гидрометеоиздат, 1966. — 328 с.