1942—1945 — дивизионный комиссар, начальник Управления пропаганды и агитации, заместитель начальника Главного политического управления РККА. По утверждению Н. В. Пупышева, именно он рекомендовал Шикина на должность заместителя А. Щербакову (второй кандидатурой был бригадный комиссар И. М. Гришаев). После консультации со Ждановым, Щербаков выбрал Шикина[2]. В этой должности Шикин был подотчётен, помимо своего непосредственного начальника А. Щербакова, также заведующему отделом пропаганды и агитации ЦК ВКП(б) Г. Александрову. Лично выезжал на фронт и в недавно освобождённые места. К сфере его ответственности относилось, в частности, освещение преступлений нацистов, обнаруженных на освобождённых территориях частями РККА. В частности, в августе 1944 г. посетил освобождённый концлагерь Собибор, о чём сообщал в донесении Н. М. Швернику[3]. Позднее также составил подробное донесение о концлагере Освенцим, в котором были исключены упоминания о еврейской национальности жертв концлагеря, а приведенные в качестве примеров заключённые были неевреями[4][5]. В первые месяцы после войны отвечал за контроль настроений на территориях Германии и европейских государств, где находились советские войска, а также за репатриацию граждан СССР.
Декабрь 1945 — февраль 1949 — начальник Главного политического управления РККА — Советской Армии. В этот период принял участие в преследовании Г. К. Жукова[6].
По воспоминаниям А. А. Маринова, Шикин был выдвиженцем А. А. Жданова, и взлёт в его карьере был связан с его участием в обороне Ленинграда (хотя он был не военным, а партийным работником). В должности начальника Главполитуправления Шикин часто приглашался на заседания Оргбюро ЦК ВКП(б) (которым руководил А. А. Кузнецов)[7].
«Ленинградское дело» и арест большинства «ждановцев» стали причиной потери Шикиным влиятельного поста. Хотя он избежал ареста, но в дальнейшем занимал относительно малозначительные должности.
Февраль 1949 — март 1950 — начальник Военно-Политической Академии имени В. И. Ленина.
Март 1950 — ноябрь 1960 — инспектор ЦК ВКП(б), заместитель, 1-й заместитель заведующего Отделом партийных органов ЦК КПСС по союзным республикам (Шелепина).
Дипломатический словарь. В 3 томах / под ред. А. А. Громыко, А. Г. Ковалева, П. П. Севостьянова, С. Л. Тихвинского. — М.: Наука, 1985—1986. — Т. 3. — С. 584.
Пупышев Н. В. В памяти и в сердце : [О нач. Гл. полит. упр. Красной Армии в 1942—1945 гг. А. С. Щербакове] / [Лит. подгот. текста Г. П. Солоницына]. — М. : Воениздат, 1986. — 278 с.