Monographie der amerikanischen Oxalisarten // Denkschriften d. K. Bayer. Akad. d. Wissensch., 1825, том IV (нем.)
Flora der Gegend von München, 1829 (нем.)
Nachtrag // Denkschriften d. K. Bayer. Akad. d. Wissensch. 1832, том X (нем.)
Charakteristik der deutschen Holzgewächse im blattlosen Zustand, I—II, Мюнхен, 1829—1831) (нем.)
Plantarum novarum vel minus cognitarum…, 1832—1845 (лат.)
Flora Japonica sive Plantae quas in imperio Japanico coll., descripsit, ex parte in ipsis locis pingendas cur. : [Lugduni Batavorum apud auctorem 1835—1870] / Ph. Fr. de Siebold. Sectio prima, continens plantas ornatui vel usui inservientes Digessit J. G. Zuccarini. Monimentum in memoriam Engelberti Kaempferi ; Caroli Petri Thunbergit in horto botanico insulae Dezima cura et sumptibus Ph. Fr. de Siebold positum 1826 (Лейден, 1835—1870) (совместно с Зибольдом) (лат.)
Florae Japoniae familiae naturales, 1843—1846 (совместно с Зибольдом) (лат.)
С. F. v. Martius. Denkrede auf Jos.-Gerh. Zuccarini, gelesen in d. öffentl. Sitzung d. k. bayer. Akad. d. Wissensch. am 28 März 1848 // Flora, 1848, № 39 (нем.)