«Флаг представляет собой белое полотнище, на нём изображён герб района. Посередине в длину проходит голубая полоса — символ того, что район разделён Волгой на две территории».[2]
Флаг разработан на основе герба Горномарийского района, который языком символов и аллегорий отражает исторические и культурные особенности района.
В летописных источниках и в народных преданиях присоединение горных мари в состав Русского государства в 1551 году увязывается с личностью одного из горномарийских князей — Акпарсом.
Княжеское имя Акпарс с тюркского переводится как «Белый барс». По-видимому, кто-то из горномарийских князей в период пребывания их земель в составе Казанского ханства или ранее в составе Золотой Орды за особые заслуги удостоился титульного имени к родовому, которое впоследствии к XVI веку закрепилось в народе в качестве княжеского имени — Акпарс.
Белый крылатый барс у тюркских народов Поволжья, особенно в Волго-Камской Булгарии, был широко известен в качестве священного животного и символизировал богатство, плодородие, благородство, являлся покровителем данного государства. Этот символ также был распространён среди татар и чувашей Казанского ханства.
Судя по археологическим материалам, относящимся к X—XI векам, символ и изображение барса были известны горным мари. В настоящее время символическое имя этой легендарной личности, с которой связана история присоединения горномарийских земель к России, а также падение Казани в 1552 году, используется народом в особо знаменательных и торжественных случаях. Горномарийская сторона в фольклорных и литературных источниках иногда образно обозначается как земля Акпарса, знатные мужчины соответственно именовались сыновьями Акпарса.
Снежный барс или ирбис из семейства кошачьих (по-марийски — пырыс или парс) по своему характеру близок леопарду и означает в символике ярость, безжалостную силу, храбрость, гордость, скорость, то есть выражает исключительные воинские характеристики.
Красное поле щита и три золотые стрелы в лапах барса заимствованы из герба города Козьмодемьянска — административного центра района. Кроме того стрелы указывают на незаурядные качества, способности лучников — воинов и охотников, которыми в прошлом славились горные мари.
Белое условное горностаевое полотнище, несущее в центре гербовый щит района, указывает на особый исторический статус горномарийских земель в Республике Марий Эл.
Пересекающая полотнище лазоревая полоса означает реку Волгу, протекающую на территории Горномарийского района
Белый цвет (серебро) — чистота, доброта, невинность, мудрость.
Красный цвет — сила, мужество, право, любовь, храбрость.
Жёлтый цвет (золото) стрел — справедливость, великодушие, богатство, постоянство и верность.