У истоков аббатства стоял Турстан, архиепископ Йоркский. В 1132 году, когда 13 монахов были изгнаны из йоркского аббатства Девы Марии за попытку возродить бенедиктинский устав, Турстан дозволил им поселиться в долине реки Скелл. При покровительстве йоркских архиепископов и цистерцианского ордена монастырь превратился в один из самых грандиозных памятников английской готики.
С возрождением в XVIII—XIX веках интереса к готической архитектуре Фаунтинское аббатство стало привлекать множество туристов. Вокруг его романтических руин раскинулся королевский парк Стадли с построенной при королеве Виктории церковью св. Марии.