Известно, что пропердин участвует в некоторых специфических иммунных реакциях. Он играет роль в воспалении ткани, а также в процессе поглощения фагоцитами патогенов. Кроме того, известно его участие в нейтрализации некоторых вирусов.
Как компонент альтернативного пути активации комплемента (иначе известного как «пропердиновый путь»), он образует комплексы с другим белком, C3b, для стабилизации альтернативной C3-конвертазы (C3bBb), которая затем расщепляет больше C3.
Альтернативный путь не зависит от антител. Эта ветвь системы комплемента включается главным образом за счет «холостой» самопроизвольной активации компонента C3 комплемента, которая происходит в сыворотке постоянно в микроколичествах за счет спонтанного гидролиза. Значение «холостой» активации в том, что активные компоненты, сорбируясь на собственных поверхностях, быстро инактивируются специальными факторами инактивации (ФУД-фактор ускоренной диссоциации C3-конвертазы, CR1, МКБ-мембранный кофакторный белок), которых нет на поверхности чужеродных агентов и где есть все условия для стабилизации активированного С3 и последующего образования анафилатоксинов, опсонинов, хемотаксических факторов и мембраноатакующего комплекса, которые помогают в борьбе с патогенами.
