Место было определено группой ученых из Чили и США в 1959 году и утверждено в 1962 году[1][2]. Строительство началось в 1963 году, а регулярные астрономические наблюдения начались в 1965 году[3]. Строительство больших зданий на Серро-Тололо закончилось с установкой телескопа Виктора Бланко в 1974 году, но с тех пор были построены небольшие объекты. Серро Пачон всё еще находится в стадии разработки, два больших телескопа были открыты с 2000 года, а один находится на ранней стадии строительства.
Основными телескопами CTIO являются 4-метровый телескоп имени Виктора Бланко, названный в честь пуэрто-риканского астронома Виктора Мануэля Бланко, и 4,1-метровый SOAR (Southern Astrophysical Research), открытый в апреле 2004 и расположенный на Серро-Пачоне. Есть также телескопы 1,5 м, 1,3 м, 1,0 м и 0,9 м, управляемые консорциумом SMARTS. CTIO также проводит другие исследовательские проекты, такие как PROMPT Telescopes, Wisconsin H-Alpha Mapper и Обсерватория Лас Камбрес, предоставляя платформу для доступа в южное полушарие для научных исследований в США и во всем мире[4].