По всей вероятности, А. И. Матюшкин был взят в детстве в царский дворец «в житье» с чином стольника при царевиче Алексее. В 1650 году он был назначен московским ловчим, а в 1672 году был пожалован в думные дворяне.
С царем Алексеем Михайловичем его связывала не только родство, но и тесная дружба. Об отношениях их свидетельствуют сохранившиеся письма царя к своему ловчему. Их главное содержание — распоряжения по части охоты, но иногда царь или делился с Афанасием Матюшкиным своими впечатлениями по поводу военных событий, или давал ему интимные поручения к членам своей семьи.
В 1676 году А. И. Матюшкин, находившийся на воеводстве в Архангельске, скончался через несколько месяцев после смерти царя Алексея Михайловича. Дети:
Иван, окольничий (1688), воевода на Вятке (1692-94), умер в 1695 г., не оставив детей в браке с Ириной Васильевной Дашковой.