Джон Линдли родился 5 февраля 1799 года в местечке Old Catton, расположенном вблизи от Норвича, и был одним из четырех детей Джорджа и Мэри Линдли. Его отец был владельцем плодового питомника, однако, садоводческое предприятие не приносило достаточно прибыли и семья жила весьма скромно. Джон с юности помогал отцу в саду и занимался сбором полевых цветов в окрестностях Норвича.
Образование получил в гимназии Норвича (Norwich School). Семья не могла поддержать его поступление в университет и в 1815 году он стал агентом бельгийской фирмы по торговле семенами в Лондоне.
Свою научную деятельность начал он изданием (в 1820 году) монографиироз («Rosarum Monographia», с 19 таблицами), в следующем году начал печатать «Collectanea Botanica» (I—VIII).
Линдли сначала принял систему классификации растений Декандоля, но потом в работе The vegetable Kingdom, основываясь на новых изысканиях, предложил свою классификацию, заключавшую в себе 7 классов, 56 сочетаний, или переходных соединительных групп, и 303 семейства. Под именем «корнеродных» (Rhizogenes) Линдли сгруппировал паразитирующиебесхлорофилловые растения; под «сетчатыми» (Dictyogenes) собрал те из однодольных, которые по листьям и внешнему виду имеют сходство с двудольными; наконец, голосеменные, или хвойные (Gymnospermes), переименовал в Gymnogenes (голородные).
За время научной деятельности им было описано несколько тысяч видов растений[5].
John Lindley.First principles of Botany. — 1830. (англ.); позже это сочинение (в 1852 году вышло седьмое издание) появилось под заглавием «Elements of Botany»