С 1984 по 1991 год работала инженером-технологом петербургского научно-производственного объединения «Всероссийский научно-исследовательский институт токов высокой частоты».
В 1991—1996 годах — помощник председателя Комитета по внешним связям мэрии Санкт-Петербурга.
В 2000—2002 годах была заместителем начальника Управления Президентского Протокола.
С 2002 по 2004 год — первый заместитель начальника Управления протокола президента Российской Федерации.
С 2004 по 2008 год — начальник Протокольно-организационного управления президента Российской Федерации[1].
В 2008—2012 годах — руководитель протокола президента Российской Федерации.
С 22 мая 2012 года — руководитель протокола председателя правительства Российской Федерации — заместитель руководителя Аппарата Правительства РФ[2].
12 ноября 2018 года премьер-министр России Дмитрий Медведев своим распоряжением освободил Марину Ентальцеву от занимаемой должности руководителя протокола председателя правительства Российской Федерации[3].
1 июля 2018 года назначена на должность члена наблюдательного совета агентства ипотечного жилищного кредитования «ДОМ.РФ»[4].