В июне 1989 года он вернулся на родину. В стране уже начиналась предвыборная борьба, на следующий год было намечено провозглашение независимости. В конце XX века Намибия после продолжительной борьбы получила независимость. В 1989—1990 годах Гейнгоб возглавлял Конституционное собрание Намибии для разработки основного закона Намибии[2]. За три месяца была разработана самая либеральная Конституция Африки.
Встреча с российским президентом Д. Медведевым во время его визита в Намибию в 2009 году
Сразу после провозглашения независимости Намибии Гейнгоб стал главой правительства и занимал этот пост 12 лет — с 21 марта1990 года по 28 августа2002 года. Именно в это время Намибия прошла испытание на прочность: в стране в конце века практически началась гражданская война между правительством и сепаратистами из Армии освобождения Каприви. Руководство страны сделало очень многое, чтобы погасить конфликт в зародыше.
Гейнгоб приложил огромные усилия, чтобы развить туризм в стране.
В 2002 году в Намибии провели реорганизацию правительства, и Гейнгоб оставил пост главы правительства. Затем в течение 10 лет (с перерывами) он работал министром торговли и промышленности в правительствах своих коллег Тео-Бена Гурирабa и Нахаса Ангулы[3].
В сентябре этого же 2002 года он не вошёл в число членов Политбюро СВАПО. На следующий год он на непродолжительное время перешёл на работу в США в одну из африканских организаций. Сразу после начала работы в международной организации его имидж в мире вырос. В ноябре 2004 года он принял участие в парламентских выборах страны и вошёл в парламент. В апреле 2007 года он был восстановлен в Политбюро СВАПО, а 29 ноября Хаге Гейнгоб стал вице-президентом правящей партии СВАПО[4].
В конце 2012 года на съезде партии Гейнгоб был переизбран вице-президентом партии, набрав самое большое количество голосов. Через два дня после этого президент НамибииХификепунье Похамба вновь назначил его главой правительства. Во второй раз он стал премьер-министром 4 декабря2012 года[5].
Через два месяца, в феврале 2013 года, правительство Хаге Гейнгобa понесло серьёзную утрату: в Лондоне скоропостижно скончался молодой талантливый министр образования, учёный Абрахам Иямбо[6], рассматривавшийся как один из молодых лидеров СВАПО.
В конце ноября 2014 года в Намибии прошли очередные президентские выборы, действующий президент Похамба не имел возможности, согласно Конституции, баллотироваться в третий раз. С начала 2014 года реальным кандидатом от правящей партии СВАПО назывался Гейнгоб[7], который в августе 2014 года стал официальным кандидатом в президенты страны от СВАПО[8].
Через пять лет после выборов 2014 года он принял участие в очередных президентских выборах в стране. В начале декабря 2019 года он был объявлен победителем после первого тура с 56% голосов.
Гейнгоб скончался 4 февраля 2024 года в окружении своей семьи в больнице Леди Похамбы в Виндхуке, где проходил лечение от онкологического заболевания[13]. Ему было 82 года.
До получения независимости Намибии Хаге Гейнгоб был награждён французскимОрденом Академических пальм и медалью СВАПО. После получения независимости получил государственные награды Кубы, Канады и Намибии.
Гейнгоб был футбольным фанатом, побывавшим на многих громких играх. Он также регулярно посещал ежегодную музыкальную премию Намибии (NAMA), а в юности пел в хоре и играл в группе.
В 1967 году Гейнгоб женился на Присцилле Шарлин Кэш, уроженке Нью-Йорка. У пары родилась дочь Нангула Гейнгос-Дукес[15].
Позже Гейнгоб женился на Лойни Кандуме, бизнес-леди, 11 сентября 1993 года в Виндхуке. В результате данного брака родились двое детей: дочь и сын[16]. Гейнгоб инициировал развод против Кандуме в мае 2006 года, и в июле 2008 года ему было предоставлено временное решение о разводе.