В 1949 году был арестован и приговорён к десяти годам заключения по делу о Еврейском антифашистском комитете. Работал маркшейдером на угольной шахте в Карагандинской области. В лагерном клубе ставил спектакли, где большим успехом пользовался «Юбилей» А. П. Чехова, где Беленький играл роль Мерчуткиной. Здесь он познакомился с А. И. Солженицыным. Освобождён в 1954.
В 1967 году в МГУ имени М. В. Ломоносова защитил диссертацию на соискание учёной степени кандидата философских наук по теме «Критический анализ вероучения, культа и идеологии иудаизма»[1].
Для издательства «Советский писатель» подготовил собрания сочинений Шолом-Алейхема на русском языке, а также сборник статей и воспоминаний «Шолом-Алейхем – человек и писатель».
В 1990 году вместе с семьёй репатриировался в Израиль, где жил в Реховоте, в хостеле на улице Горовиц в Кирьят Моше.
Сын — Соломон Моисеевич Беленький, советский и американский химик, кандидат химических наук (1966) и доктор технических наук (1988), автор монографий «Минеральные воды» (1982) и «Технология обработки и розлива минеральных вод» (1990).
Сын — Давид Моисеевич Беленький (1941—2006), советский и израильский биохимик.
Беленький М. С. Что такое Талмуд. Очерк истории и мировоззрения Талмуда и современный иудаизм. — М.: Издательство Академии Наук СССР, 1963. — 142 с. — (Научно-популярная серия). — 70 000 экз.
Беленький М. С. Что такое Талмуд. Очерк истории и мировоззрения Талмуда и современный иудаизм. — 2-е изд, доп. — М.: Наука, 1970. — 216 с. — (Научно-популярная серия). — 20 000 экз.
Беленький М. С. Современный иудаизм. — М.: Знание, 1972. — 64 с. — (Новое в жизни, науке, технике. Естествознание и религия; № 5).
Беленький М. С. Иудаизм. — 2-е изд. — М.: Политиздат, 1974. — 239 с. — (Библиотека современной религии).
Беленький М. С. Критика основных догматов Талмуда. — М.: Знание, 1975. — 64 с. — (Новое в жизни, науке, технике. Научный атеизм; № 2).
Беленький М. С. Вольнодумец Акоста. — М.: Мысль, 1984. — 127 с. — 40 000 экз.
Беленький М. С. Литературные портреты : [О выдающихся деятелях евр. культуры, лит. и искусства]. — М.: Советский писатель, 1989. — 301 с. — ISBN 5-256-00964-7.
Шолом Алейхем. Собрание сочинений: В 6 т : К столетию со дня рождения. 1859-1959 / Ред. коллегия: М. С. Беленький и др.; Критико-биогр. очерк Р. Рубиной, с. 5-41. — М.: Гослитиздат, 1959-1961.
Аш Ш. Люди и боги. Избранные произведения / Сост. М. С. Беленький. — М.: Художественная литература, 1966. — 424 с. — 50 000 экз.
Шолом-Алейхем — писатель и человек. Статьи и воспоминания / Сот. и пер. М. С. Беленький. — М.: Советский писатель. — 336 с. — 20 000 экз.
Критика иудейской религии: Сборник статей / Институт истории АН СССР; сост. , ред., вступ. статья, с. 5-38, М. С. Беленького ; отв. ред. М. М. Персиц. — 2-е изд., доп. — М.: Наука, 1964. — 476 с. — (Научно-атеистическая библиотека). — 6000 экз.
Акоста У. "О смертности души человеческой", и другие произведения / Сост. и ред. М. С. Беленького ; Вступ. статья И. К. Луппола. — М.: Издательство Академии наук СССР, 1958. — 156 с. — (Научно-атеистическая б-ка/ Акад. наук СССР. Ин-т истории).
↑Беленький М. С. Критический анализ вероучения, культа и идеологии иудаизма / Автореф. дис. ... канд. философ. наук / Моск. гос. ун-т им. М. В. Ломоносова. Философ. фак. Кафедра истории и теории атеизма. — М.: МГУ имени М. В. Ломоносова, 1967. — 13 с.