Затем по состоянию здоровья был вынужден оставить службу с чином премьер-майора, однако, уже в 1792 году, узнав о начале военных действий в Польше, снова поступил в войска, в качестве волонтёра, но вскоре, за оказанные им в разных делах храбрость и распорядительность, был снова принят в Сибирский гренадерский полк. В 1794 году, в Великий четверг, когда варшавские жители восстали и стали убивать безоружных русских[2] (т. н. «Варшавская заутреня»), Багговут, находившийся в то время в городе, собрал около себя людей и с ними пробился сквозь толпы поляков; затем имел несколько удачных дел с конфедератами; участвовал в сражении при Мацеёвицах и в штурме Праги.
27 июля 1800 года Багговут был отставлен от службы с чином генерал-майора, но по восшествии на престол Александра I снова принят на службу (5 ноября 1800) и назначен шефом 4-го егерского полка (это звание он сохранил до самой смерти). 26 ноября 1804 года был награждён орденом Св. Георгия 4-й степени за беспорочную выслугу 25 лет в офицерских чинах. Во время 2-й войны императора Александра с Наполеоном, Багговут стал известен, как один из храбрейших генералов русской армии и за сражение под Пултуском (14 декабря 1806) награждён орденом Св. Георгия 3-й ст.
В воздаяние отличнаго мужества и храбрости, оказанных в сражении 14-го декабря при Пултуске против французских войск, где, командуя отрядом впереди леваго фланга, с особенною неустрашимостию поражал неприятеля во все время сражения и опрокинул онаго.
В кампании 1807 года он тоже выделялся своей отвагой, участвовал в сражениях: при Прейсиш-Эйлау (где контужен в грудь), при Гейльсберге; под Фридландом он находился на левом фланге русских войск, но сильная контузия принудила его оставить строй до окончания сражения. Во время шведской войны 1808 года, Багговут, назначенный начальником войск, расположенных по берегу Ботнического залива, одержал несколько побед над шведами.
↑Государственный Эрмитаж. Западноевропейская живопись. Каталог / под ред. В. Ф. Левинсона-Лессинга; ред. А. Е. Кроль, К. М. Семенова. — 2-е издание, переработанное и дополненное. — Л.: Искусство, 1981. — Т. 2. — С. 256, кат. № 8136. — 360 с.