Области знаний
Партнёрские проектыМатериалы БРЭСпецпроектыСтать автором
Настроить видСменить языкИнформация
О РУВИКИ
Найти статью

Байрох, Амос

Pause

Амос Байрох (фр. Amos Bairoch; 22 ноября 1957, Кламар — 29 ноября 2025)[1][2][3] — швейцарский биоинформатик[4][5][6]. Профессор биоинформатики на кафедре микробиологии и молекулярной медицины Женевского университета, где возглавляет группу CALIPHO[7] Швейцарского института биоинформатики (Swiss Institute of Bioinformatics — SIB).

В своей работе использует сочетание биоинформатики и экспериментальных методик для расширения знаний о функции генов, кодирующих белки, в геноме человека[8][9].

Отец — историк экономики Пауль Байрох.

Общие сведения

Образование

Амос Байрох получил образование в Женевском университете[10]:

  • 1981 год — степень бакалавра биохимии;
  • 1981 год — степень бакалавра химии;
  • 1983 год — диплом магистра биохимии;
  • В 1990 году защитил докторскую диссертацию.

Его первым проектом в аспирантуре была разработка PC/ Gene[11], программного пакета на основе MS-DOS для анализа последовательностей белков и нуклеотидов. Этот проект был куплен сначала швейцарской компанией Genofit, затем Intelligenetics из США и Oxford Molecular из Великобритании.

Карьера

С 1982 по 1987 год — ассистент на кафедре медицинской биохимии в Женевском университете[10].

С 1987 по 1989 год — старший ассистент на кафедре медицинской биохимии.

С 1989 по 1994 — научный сотрудник, отвечал за разработку биокомпьютеров для медицинского факультета.

С 1995 года — доцент кафедры медицинской биохимии.

С 1998 года — один из основателей и руководитель группы Швейцарского института биоинформатики (Swiss Institute of Bioinformatics — SIB).

С 2001 года — адъюнкт-профессор биоинформатики на кафедре медицинской биохимии.

Исследования

Его основная работа связана с анализом последовательности белков и, в частности, с разработкой баз данных и программных средств для этой цели[12]. Его вклад — тщательное ручное аннотирование данных, связанных с белками[13].

Во время работы над PC/ Gene он начал разрабатывать базу данных аннотированных последовательностей белков, которая получила название SwissProt и была впервые представлена в июле 1986 года[14]. С 1988 года это был совместный проект с группой библиотек данных Европейской лаборатории молекулярной биологии, которая позже преобразовалась в Европейский институт биоинформатики (EBI).

База данных Swiss-Prot — основной источник информации о последовательности белков в мире и ключевой исследовательский инструмент для биоинформатиков[15]. Swiss-Prot наряду с американским информационным ресурсом по белкам (American Protein Information Resource — PIR) входит в самый полный в мире каталог информации о последовательностях и функциях белков — UniProt[16].

В 1988 году Байрох начал разрабатывать PROSITE[17], базу данных семейств и доменов белков. Некоторое время спустя он создал ENZYME[18][19][20][21][22], номенклатурную базу данных ферментов, а также SeqAnalRef, библиографическую справочную базу данных для анализа последовательностей[23][24].

В сотрудничестве с Роном Аппелем в августе 1993 года он инициировал создание первого сервера по молекулярной биологии — ExPASy[25].

В 1998 году вместе с коллегами из Женевского и Лозаннского университетов он был одним из основателей Швейцарского института биоинформатики SIB, который занимается исследованиями в области биоинформатики, разработками баз данных и инструментов для работы с ними[26].

В ноябре 1997 года вместе с Роном Аппелем и Денисом Хохштрассером он основал GeneBio (Geneva Bioinformatics SA), компанию, занимающуюся биологическими знаниями. Затем к ним присоединились Кит Роуз и Робин Офорд, и в апреле 2000 года они основали GeneProt (Geneva Proteomics), компанию по производству высокопроизводительной протеомики. Компания прекратила свою деятельность в 2005 году[27].

С 2009 года Амос Байрох в рамках CALIPHO group участвует в разработке neXtProt ресурса, цель которого — предоставить биологам широкий спектр знаний обо всех белках человека[28][29][30]. Он также участвует в разработке информационного ресурса Cellosaurus, посвящённого клеточным линиям.

По данным Google Scholar[12] и Scopus[12], по состоянию на 2015 год наиболее цитируемые рецензируемые статьи Амоса Байроха в научных журналах были опубликованы в Nucleic Acids Research[31][32][33][34][35], the Biochemical Journal[36][37], Nature[38], Briefings in Bioinformatics[39] и Database[40].

Награды и почётные звания

1993 год — лауреат премии Фридриха Мишера Швейцарского общества биохимиков

1995 год — поощрительная премия Фонда Хельмута Хортена

2004 год — премия Пера Эдмана

2004 год — Европейская премия Лациса

2010 год — премия Отто Негели

2011 год — премия HUPO за выдающиеся достижения в области протеомных наук[41]

2013 года — EUPA премия пионера протеомики

2018 год — премия ABRF

2021 — премия за исключительный вклад в области биокурации от Международного общества биокурации.

2025 — лауреат ISCB Accomplishments by a Senior Scientist Award — высшей формы признания, присуждаемой Международным обществом вычислительной биологии (ISCB) учёным за выдающийся вклад в области вычислительной биологии и биоинформатики[42].

Примечания

  1. ↑ Frederique Lisacek Dr., Lydie Lane Dr. Proteomics Pioneer Award 2013: Professor Amos Bairoch, University of Geneva, Switzerland (англ.). EuPA Open Proteomics. Дата обращения: 23 февраля 2024.
  2. ↑ Amos Bairoch, Swiss pioneer of bioinformatics, passes away (англ.). www.sib.swiss. Дата обращения: 24 декабря 2025.
  3. ↑ Amos Bairoch, a biocurator at heart, passes away – International Society for Biocuration (амер. англ.). www.biocuration.org. Дата обращения: 24 декабря 2025.
  4. ↑ Amos Bairoch's home page. ExPASy. Архивировано 14 февраля 2014 года.
  5. ↑ Bairoch, Amos. Scopus Preview. Дата обращения: 23 апреля 2024.
  6. ↑ Amos Bairoch. https://europepmc.org/. Дата обращения: 23 апреля 2024.
  7. ↑ CALIPHO (Computer Analysis and Laboratory Investigation of Proteins of Human Origin) group page on the SIB website. Архивировано 20 апреля 2013 года.
  8. ↑ SIB's Bairoch to Step Down as Swiss-Prot Director to Launch New Human Protein Resource. GenomeWeb.com. Архивировано 20 февраля 2012 года.
  9. ↑ CALIPHO (англ.). www.sib.swiss. SIB Swiss Institute of Bioinformatics. Дата обращения: 23 апреля 2024.
  10. ↑ 1 2 Curriculum vitae - Amos Bairoch (англ.). Дата обращения: 23 апреля 2024.
  11. ↑ Moore, J.; Engelberg, A.; Bairoch, A. (1988). “Using PC/GENE for protein and nucleic acid analysis”. BioTechniques. 6 (6): 566—572. PMID 3273189.
  12. ↑ 1 2 3 Amos Bairoch, indexed publications. Google Scholar. Дата обращения: 23 апреля 2024.
  13. ↑ Lima, T.; Auchincloss, A. H.; Coudert, E.; Keller, G.; Michoud, K.; Rivoire, C.; Bulliard, V.; De Castro, E.; Lachaize, C.; Baratin, D.; Phan, I.; Bougueleret, L.; Bairoch, A. (2009). “HAMAP: A database of completely sequenced microbial proteome sets and manually curated microbial protein families in UniProtKB/Swiss-Prot”. Nucleic Acids Research. 37 (Database issue): D471—D478. DOI:10.1093/nar/gkn661. PMC 2686602. PMID 18849571.
  14. ↑ Bairoch, A. (2000). “Serendipity in bioinformatics, the tribulations of a Swiss bioinformatician through exciting times!”. Bioinformatics. 16 (1): 48—64. DOI:10.1093/bioinformatics/16.1.48. PMID 10812477. — a historical account by Bairoch.
  15. ↑ Persson, B. (2000). “Bioinformatics in protein analysis”. EXS. 88: 215—231. DOI:10.1007/978-3-0348-8458-7_14. ISBN 978-3-0348-9576-7. PMID 10803381.
  16. ↑ Wu, C. H.; Apweiler, R.; Bairoch, A.; Natale, D. A.; Barker, W. C.; Boeckmann, B.; Ferro, S.; Gasteiger, E.; Huang, H.; Lopez, R.; Magrane, M.; Martin, M. J.; Mazumder, R.; O'Donovan, C.; Redaschi, N.; Suzek, B. (2006). “The Universal Protein Resource (UniProt): An expanding universe of protein information”. Nucleic Acids Research. 34 (90001): D187—D191. DOI:10.1093/nar/gkj161. PMC 1347523. PMID 16381842.
  17. ↑ Hofmann, K.; Bucher, P.; Falquet, L.; Bairoch, A. (1999). “The PROSITE database, its status in 1999”. Nucleic Acids Research. 27 (1): 215—219. DOI:10.1093/nar/27.1.215. PMC 148139. PMID 9847184.
  18. ↑ Bairoch, A (2000). “The ENZYME database in 2000”. Nucleic Acids Research. 28 (1): 304—5. DOI:10.1093/nar/28.1.304. PMC 102465. PMID 10592255.
  19. ↑ Bairoch, A (1999). “The ENZYME data bank in 1999”. Nucleic Acids Research. 27 (1): 310—1. DOI:10.1093/nar/27.1.310. PMC 148167. PMID 9847212.
  20. ↑ Bairoch, A (1996). “The ENZYME data bank in 1995”. Nucleic Acids Research. 24 (1): 221—2. DOI:10.1093/nar/24.1.221. PMC 145615. PMID 8594586.
  21. ↑ Bairoch, A (1994). “The ENZYME data bank”. Nucleic Acids Research. 22 (17): 3626—7. DOI:10.1093/nar/22.17.3626. PMC 308334. PMID 7937072.
  22. ↑ Bairoch, A (1993). “The ENZYME data bank”. Nucleic Acids Research. 21 (13): 3155—6. DOI:10.1093/nar/21.13.3155. PMC 309744. PMID 8332535.
  23. ↑ Bairoch, A. (1991). “PROSITE: A dictionary of sites and patterns in proteins”. Nucleic Acids Research. 19 Suppl (Suppl): 2241—2245. DOI:10.1093/nar/19.suppl.2241. PMC 331358. PMID 2041810.
  24. ↑ Hulo, N.; Bairoch, A.; Bulliard, V.; Cerutti, L.; Cuche, B. A.; De Castro, E.; Lachaize, C.; Langendijk-Genevaux, P. S.; Sigrist, C. J. A. (2007). “The 20 years of PROSITE”. Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): D245—D249. DOI:10.1093/nar/gkm977. PMC 2238851. PMID 18003654.
  25. ↑ Appel, R. D.; Bairoch, A.; Hochstrasser, D. F. (1994). “A new generation of information retrieval tools for biologists: The example of the ExPASy WWW server”. Trends in Biochemical Sciences. 19 (6): 258—260. DOI:10.1016/0968-0004(94)90153-8. PMID 8073505.
  26. ↑ Hoogland, C.; Mostaguir, K.; Appel, R.; Lisacek, F. (2008). “The World-2DPAGE Constellation to promote and publish gel-based proteomics data through the ExPASy server”. Journal of Proteomics. 71 (2): 245—248. DOI:10.1016/j.jprot.2008.02.005. PMID 18617148.
  27. ↑ With No New Deals, GeneProt to Close Its Doors. GenomeWeb.com (июнь 2005). Архивировано 11 февраля 2011 года.
  28. ↑ Gaudet, P; Michel, P. A.; Zahn-Zabal, M; Cusin, I; Duek, P. D.; Evalet, O; Gateau, A; Gleizes, A; Pereira, M; Teixeira, D; Zhang, Y; Lane, L; Bairoch, A (2015). “The neXtProt' knowledgebase on human proteins: Current status”. Nucleic Acids Research. 43 (Database issue): D764–70. DOI:10.1093/nar/gku1178. PMC 4383972. PMID 25593349.
  29. ↑ Lane, L; Argoud-Puy, G; Britan, A; Cusin, I; Duek, P. D.; Evalet, O; Gateau, A; Gaudet, P; Gleizes, A; Masselot, A; Zwahlen, C; Bairoch, A (2012). “Ne Xt Prot: A knowledge platform for human proteins”. Nucleic Acids Research. 40 (Database issue): D76–83. DOI:10.1093/nar/gkr1179. PMC 3245017. PMID 22139911.
  30. ↑ Gaudet, P; Argoud-Puy, G; Cusin, I; Duek, P; Evalet, O; Gateau, A; Gleizes, A; Pereira, M; Zahn-Zabal, M; Zwahlen, C; Bairoch, A; Lane, L (2013). “Ne Xt Prot: Organizing protein knowledge in the context of human proteome projects”. Journal of Proteome Research. 12 (1): 293—8. DOI:10.1021/pr300830v. PMID 23205526.
  31. ↑ Bairoch, A.; Apweiler, R.; Wu, C. H.; Barker, W. C.; Boeckmann, B.; Ferro, S.; Gasteiger, E.; Huang, H.; Lopez, R.; Magrane, M.; Martin, M. J.; Natale, D. A.; O'Donovan, C.; Redaschi, N.; Yeh, L. S. (2004). “The Universal Protein Resource (UniProt)”. Nucleic Acids Research. 33 (Database issue): D154—D159. DOI:10.1093/nar/gki070. PMC 540024. PMID 15608167.
  32. ↑ Boeckmann, B.; Bairoch, A.; Apweiler, R.; Blatter, M. C.; Estreicher, A.; Gasteiger, E.; Martin, M. J.; Michoud, K.; O'Donovan, C.; Phan, I.; Pilbout, S.; Schneider, M. (2003). “The SWISS-PROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003”. Nucleic Acids Research. 31 (1): 365—370. DOI:10.1093/nar/gkg095. PMC 165542. PMID 12520024.
  33. ↑ Apweiler, R.; Attwood, T. K.; Bairoch, A.; Bateman, A.; Birney, E.; Biswas, M.; Bucher, P.; Cerutti, L.; Corpet, F.; Croning, M. D.; Durbin, R.; Falquet, L.; Fleischmann, W.; Gouzy, J.; Hermjakob, H.; Hulo, N.; Jonassen, I.; Kahn, D.; Kanapin, A.; Karavidopoulou, Y.; Lopez, R.; Marx, B.; Mulder, N. J.; Oinn, T. M.; Pagni, M.; Servant, F.; Sigrist, C. J.; Zdobnov, E. M. (2001). “The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites”. Nucleic Acids Research. 29 (1): 37—40. DOI:10.1093/nar/29.1.37. PMC 29841. PMID 11125043.
  34. ↑ Mulder, N. J.; Apweiler, R; Attwood, T. K.; Bairoch, A; Barrell, D; Bateman, A; Binns, D; Biswas, M; Bradley, P; Bork, P; Bucher, P; Copley, R. R.; Courcelle, E; Das, U; Durbin, R; Falquet, L; Fleischmann, W; Griffiths-Jones, S; Haft, D; Harte, N; Hulo, N; Kahn, D; Kanapin, A; Krestyaninova, M; Lopez, R; Letunic, I; Lonsdale, D; Silventoinen, V.; Orchard, S. E.; Pagni, M.; Pagni, Marco; Peyruc, D.; Ponting, C.P.; Selengut, J.D.; Servant, F.; Sigrist, C.J.A.; Vaughan, R.; Zdobnov, E.M. (2003). “The InterPro Database, 2003 brings increased coverage and new features”. Nucleic Acids Research. 31 (1): 315—8. DOI:10.1093/nar/gkg046. PMC 165493. PMID 12520011.
  35. ↑ Mulder, N. J.; Apweiler, R; Attwood, T. K.; Bairoch, A; Bateman, A; Binns, D; Bradley, P; Bork, P; Bucher, P; Cerutti, L; Copley, R; Courcelle, E; Das, U; Durbin, R; Fleischmann, W; Gough, J; Haft, D; Harte, N; Hulo, N; Kahn, D; Kanapin, A; Krestyaninova, M; Lonsdale, D; Lopez, R; Letunic, I; Madera, M; Maslen, J; McDowall, J; Mitchell, A; et al. (2005). “InterPro, progress and status in 2005”. Nucleic Acids Research. 33 (Database issue): D201–5. DOI:10.1093/nar/gki106. PMC 540060. PMID 15608177. публикация в открытом доступе
  36. ↑ Henrissat, B; Bairoch, A (1996). “Updating the sequence-based classification of glycosyl hydrolases”. The Biochemical Journal. 316 (2): 695—6. DOI:10.1042/bj3160695. PMC 1217404. PMID 8687420.
  37. ↑ Henrissat, B; Bairoch, A (1993). “New families in the classification of glycosyl hydrolases based on amino acid sequence similarities”. The Biochemical Journal. 293 (3): 781—8. DOI:10.1042/bj2930781. PMC 1134435. PMID 8352747.
  38. ↑ Freiberg, C.; Fellay, R. M.; Bairoch, A.; Broughton, W. J.; Rosenthal, A.; Perret, X. (1997). “Molecular basis of symbiosis between Rhizobium and legumes”. Nature. 387 (6631): 394—401. Bibcode:1997Natur.387..394F. DOI:10.1038/387394a0. PMID 9163424. S2CID 4336941.
  39. ↑ Sigrist, C. J.; Cerutti, L; Hulo, N; Gattiker, A; Falquet, L; Pagni, M; Bairoch, A; Bucher, P (2002). “PROSITE: A documented database using patterns and profiles as motif descriptors”. Briefings in Bioinformatics. 3 (3): 265—74. DOI:10.1093/bib/3.3.265. PMID 12230035.
  40. ↑ Gaudet, P.; Bairoch, A.; Field, D.; Sansone, S. -A.; Taylor, C.; Attwood, T. K.; Bateman, A.; Blake, J. A.; Bult, C. J.; Cherry, J. M.; Chisholm, R. L.; Cochrane, G.; Cook, C. E.; Eppig, J. T.; Galperin, M. Y.; Gentleman, R.; Goble, C. A.; Gojobori, T.; Hancock, J. M.; Howe, D. G.; Imanishi, T.; Kelso, J.; Landsman, D.; Lewis, S. E.; Karsch Mizrachi, I.; Orchard, S.; Ouellette, B. F. F.; Ranganathan, S.; Richardson, L.; Rocca-Serra, P. (2011). “Towards BioDBcore: A community-defined information specification for biological databases”. Database. 2011: baq027. DOI:10.1093/database/baq027. PMC 3017395. PMID 21205783.
  41. ↑ HUPO Distinguished Awards. HUPO. Архивировано 5 июня 2013 года.
  42. ↑ Accomplishment by a Senior Scientist Award. www.iscb.org. Дата обращения: 24 декабря 2025.

Ссылки

Категории

Pause