ЕЕА1 представляет собой мембранный белок массой 162 кДа, который специфически связывается с фосфатидилинозитол-3-фосфатом. Содержит два специальных домена: FYVE домен и цинковый палец. Первый отвечает за связывание ЕЕА1 с фосфолипидом, а второй с белком RAB5 и RAB5-ГТФ. В клетке ЕЕА1 может находиться в цитоплазме, ранних эндосомах или на периферической мембране.
Ранние эндосомы — клеточные органеллы, которые получают только что поглощённый клеткой материал. Они сортируют материал в зрелые эндосомы или лизосомы либо рециркулируют его обратно из клетки. ЕЕА1 используется в клеточной биологии как маркёр ранних эндосом.