28S рРНК
28S рибосомная РНК — структурная рибосомная РНК (рРНК) большой субъединицы эукариотических цитоплазматических рибосом и, таким образом, одна из основных компонентов всех эукариотических клеток. Она имеет размер 25S у растений и 28S у млекопитающих, отсюда название 25S – 28S рРНК[1].
В сочетании с 5,8S рРНК на 5'-стороне, это эукариотический ядерный гомолог прокариотической 23S и митохондриальной 16S рибосомной РНК[2][3][4].
Использование в филогении
Гены, кодирующие 28S рРНК, называют 28S рДНК. Сравнение последовательностей этих генов иногда используется в молекулярном анализе для построения филогенетических деревьев, например, у простейших, [5] грибов, [6] насекомых, [7] тихоходок, [8] и позвоночных[9][10].
Состав
28S рРНК имеет длину, как правило, 4000–5000 нт[11].
У некоторых эукариот 28S рРНК в рибосоме расщеплена на две части, что может[11] происходить как до сборки рибосомы, так и после сборки. На последнее указывает поверхностное расположение места разреза в одном из исследований[11][12]. Явление названо «скрытым разрывом» (hidden break)[11].
Базы данных
Несколько баз данных предоставляют выравнивания и аннотации последовательностей рРНК LSU для сравнительных целей: