По окончании обучения активно помогал отцу в издательской деятельности, а после его смерти стал фактически главой фирмы, которую вместе с братом Григорием получил в наследство[5]. Он продолжая совершенствовать технику нотопечатания, приобретая для этого самые современные станки, а также уделял существенное внимание художественному оформлению музыкальных изданий. Б. П. Юргенсон заключал контакты с ведущими русскими композиторами, и существенно расширил сбыт нотных изданий за пределами Российской империи[4].
В 1918 году, после декрета о национализации, фирма была преобразована в Музыкальный сектор Государственного издательства, в 1930 году — в Государственное музыкальное издательство (Музгиз), в 1963 — в издательство «Музыка»[6]. Борис Юргенсон заведовал нотной секцией Музыкального отдела Наркомпроса и работал в Музыкальном секторе Госиздата[7].
Среди прочего, он составил тематический указатель сочинений П. И. Чайковского, издал брошюру «К проекту законоположений об авторском праве на музыкальные произведения»[2] и опубликовал «Очерк истории нотопечатания» (ГИЗ, 1928). Но самой известной работой Юргенсона является издание музыкального словаря Римана, перевод которого был сделан Ю. Д. Энгелем с 5-го немецкого издания (Лейпциг, 1900) и опубликован в Москве и Лейпциге в 1904 году[8], при этом русские лексикографы, этнографы, историки, музыковеды — П. П. Веймарн, А. В. Преображенский, Н. Ф. Финдейзен, Ю. Д. Энгель, разумеется, сам Б. П. Юргенсон — расширили словник Римана статьями об отечественных музыкантах и музыкальными терминами, которых не было в немецком оригинале[9].
Был женат на Марии Викторовне Юргенсон, урожденной Савковой (1874—1953); у них родилось трое детей: две дочери (Вера и Наталья) и сын Пётр (1903—1971), который стал видным советским учёным-зоологом и охотоведом, доктором биологических наук и профессором[10].
↑Несмотря на титульный лист, где означен 1901 год, «Добавление» к словарю (Т. 3, с. 1500—1531) и заметка «От редакции» в конце книги (за подписью «октябрь 1904», Т. 3, с. 1533) позволяют уточнить дату публикации «Русского Римана».