Исток реки в Хабаровском крае на северо-западном склоне хребта Сунтар-Хаята. Юдома образуется слиянием двух рек: Ниткан и Авлия. В верховьях река течёт на юго-юго-запад, затем поворачивает к юго-западу и северо-западу, где пересекается с дорогой в Охотск — Юдомский Крест (телефонно-телеграфная и разъездная станция на трассе Якутск — Охотск (Охотский тракт)). Далее река направляется к юго-западу и к югу, затем к западу и юго-западу, а в низовьях, около реки Бык, поворачивает на юго-юго-запад и впадает в реку Маю с правой стороны.
На значительном протяжении (от места примерно в 20 км выше Югорёнка до устья) служит границей между Якутией и Хабаровским краем.
Течение извилистое и быстрое, берега крутые, много подводных камней, порогов и мелей.
Питание дождевое и снеговое, в верховьях также ледниковое. Ледостав в октябре, вскрывается в мае.[2] Весной сильно разливается, затопляя долину в устье.
↑Ресурсы поверхностных вод СССР: Гидрологическая изученность. Т. 17. Ленско-Индигирский район. Вып. 3. Бассейн р. Алдан / под ред. И. В. Осиповой. — Л.: Гидрометеоиздат, 1966. — 210 с.